Vincent Voelz vient de mettre en production une nouvelle série de projets : les 6600 à 6606.Les caractéristiques des projets 6600-6605 sont les suivantes : 1047 atomes, 450 points, deadline préférable 6 jours et deadline finale 9 jours. Le projet 6606 est un peu différend et rapportera 550 points, tout en conservant les autres caractéristiques de la série. Ces projets sont distribués par un nouveau serveur, 171.64.65.61, qui utilise encore le code serveur v4.
Les premières mesures de performances donnent :
p6600-6605
- 4520 PPD sur GT 240, shaders à 1700 MHz
- 4800 PPD sur un core de 9800 GX2
p6606
- 5525 PPD sur GT 240, shaders à 1700 MHz
- 5800 PPD sur un core de 9800 GX2
Ces simulations sont des états natifs et non repliés de la protéine CspTm (une protéine constituée de 66 résidus thermophiles brise-glace), dont l’état dénaturé a été étudié expérimentalement en utilisant une molécule unique et la méthode de transfert d'énergie par resonance de type Förster (FRET, pour l' acronyme anglais " Förster resonance energy transfer"), aussi connue sous le nom de transfert d'énergie entre molécules fluorescentes. Une page Wikipedia est disponible en allemand si vous souhaitez en savoir plus sur Theodor Förster.
Alors que les expériences FRET ont mis en évidence un réarrangement intramoléculaire rapide, d’autres études (notamment les études de trempe des résidus Trp et Cys) ont montré une diffusion intra chaîne très lente. Les dynamiques de la chaîne dans son état non replié dont découlent les conditions de repliement naturelles sont cruciales pour comprendre comment la chaîne peut se réorganiser pour trouver son état replié d’une manière traitable. Vincent espère utiliser la simulation pour mieux comprendre ce que les expériences de relaxation moléculaire mesurent.
Mise à jour 11/03/10 à 9H30 :
Les 550 points du projets 6606 étaient une erreur ... chaque projet de cette série vaut bien 450 points par unité.
D'autre part, certains d'entre vous ont peut être remarqué l'absence des points pour ces projets dans les statistiques : ils ne sont pas perdus mais ont simplement été retardé. Ce bug devrait maintenant être résolu, et toutes les WUs seront bien créditées.
Traduit et adapté de la description des projets 6600-6606.
toTOW
Le: 08/03/10
