Vincent Voelz vient de mettre en ligne une nouvelle série de projets pour le client Folding@Home “classique” (mono processeur). Ces projets nécessitent le paramètre « big WUs » pour être traités, leur valeur est donc doublée par rapport au benchmark. Chaque unité rapporte 336 points et doit être renvoyée de préférence sous 36 jours, et au plus tard sous 52 jours.Ces projets étudient le domaine S3 (article Wikipedia, en anglais) qui est une molécule que l’ont retrouve dans de nombreux systèmes biologiques. Elle est généralement une partie d’un complexe plus étendu qui aide à transmettre les signaux cellulaires. Sa fonction principale est de moduler et de réguler les signaux en se liant de façon transitoire à certaines classes de motifs de polyproline (article Wikipedia, en anglais). Les caractéristiques des différentes formes du SH3 pour certains motifs de peptides peuvent fortement varier, et des nouvelles connaissances peuvent être apportées par des calculs de prédictions des affinités dépendantes des motifs.
Ces simulations sont conçues pour tester une nouvelle méthode d’échantillonnage appelée « méthode du potentiel de fragment multi-échelle » (MSFP). Dans cette méthode, l’étude de la façon dont une chaîne de peptide se lie à la surface d’un récepteur est découpée en deux parties qui peuvent être facilement parallélisées. Au lieu de simuler les interactions entre une grande chaîne de polypeptides avec un récepteur, la chaîne de peptides est découpée en petits fragments et nous étudions la surface du récepteur pour construire un potentiel de forces moyennes pour chaque fragment. Grâce à ces informations chimiques détaillées, les chercheurs utilisent un modèle de chaîne à grains grossiers pour échantillonner la conformation du peptide et la séquence spatiale.
Les simulations dans ces projets sont des fragments d’un seul acide aminé ancré le long de la surface de la protéine test, domaine Abl SH3. Ces essais vont permettre de tester les hypothèses fondamentales de la méthode MSFP.
Adapté de la description des projets.
toTOW
Le: 02/11/09
