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Intel passe à l'eau ! Les Sandy Bridge Extreme LGA2011 en watercooling ?

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Intel passe à l'eau ! Les Sandy Bridge Extreme LGA2011 en watercooling ?
C'est un changement du tout au tout dans la stratégie d'Intel : pour la première fois le fondeur va vendre ses CPU version boîte avec autre chose qu'un ventirad. Chaque génération de CPU Intel apporte une évolution sur le ventirad box ... En octobre 2009 nous vous annoncions le premier radbox "tour", cette fois ci c'est un mini kit de watercooling qu'Intel songe à mettre dans sa boîte !
On peut toutefois se demander si le public visé sera sensible à cette attention ... en effet ces CPU sont vendu autour de 1000€, et si leur kit est peu efficace on peut s'attendre à ce que leur propriétaire soit déjà équipé d'un watercooling maison plus efficace ... Et pour les autres, vu les tarifs, il faudrait y songer :whitle !



Bref, si vous venez d'hériter, que vous vous ennuyez, cette gamme de CPU sera votre meilleure amie !

Source : Presence-PC

Nouveaux projets pour Gromacs A4 : p10720-10722

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Dan Vanetta vient de mettre en ligne deux nouveaux projets qui simulent la vancomycine, un antibiotique de la classe des glycopeptides, ainsi que le peptide auquel il se lie. La vancomycine est un antibiotique de dernier recours utilisé pour traiter les infections résistantes à la méticilline, une forme de pénicilline utilisée pour traiter le staphylocoque doré non résistant. Récemment, des cas de résistance à la vancomycine ont été découverts, et le but de ces simulations est de comprendre ce mécanisme de résistance.


Une molécule de Vancomycine.



Projet 10720 : Vancomycine
  • 984 points
  • Deadline préférable : 16 jours
  • Deadline finale : 24 jours
  • Facteur bonus : 0.75


Projet 10721 : Peptide
  • 654 points
  • Deadline préférable : 8 jours
  • Deadline finale : 16 jours
  • Facteur bonus : 0.75


Ces projets sont distribués par le serveur 171.67.108.42 et assignés aux client utilisant le paramètre –advmethods.

Source : Forum Officiel

Mise à jour du 28/05 à 15H20 :
Un troisième projet vient compléter l'étude, le 10722, utilisant toujours le core Gromacs A4. Les caractéristiques sont les suivantes :
  • 12 098 atomes
  • 2 244 points
  • Deadline préférable : 32 jours
  • Deadline finale : 56 jours
  • Facteur bonus : 0.75

Une meilleure transparence dans les tests.

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Pendant 10 ans, les équipes du projet Folding@Home ont lancé des unités de travail (WUs), des cores et des clients en utilisant un protocole d’assurance qualité (QA en anglais) qui implique de nombreuses étapes comme les tests interne (int), un beta test fermé (bet), un beta test ouvert (adv) et enfin une sortie complète (fah). Le but de cette mise à disposition progressive est d’empêcher autant que possible les unités ou les logiciels problématiques d’être distribués au plus grand nombre. Ceci permet également aux utilisateurs de choisir leur niveau de risque dans les unités ou les logiciels qu’ils utilisent.

Cependant, cela implique qu’une quantité importante de travail est réalisée en test fermé, ce qui a de nombreux désavantages. Le plus important est que tout le travail réalisé par les bêta testeurs, les modérateurs du forum officiel et le Pande Group n’est jamais visible. Cela signifie aussi que la raison pour laquelle les unités sont lancées dans leur forme actuelle n’est pas visible non plus. Et bien que l’entrée dans l’équipe d’utilisateurs qui réalise ces bêta tests fermés, c’est un obstacle à surmonter rien que pour voir ce qui se passe (et avant de décider de s’impliquer). D’un autre coté, il y a aussi pas mal d’avantages à avoir un groupe fermé, comme le fait d’avoir un groupe d’utilisateurs expérimentés capable de fournir des retours précis sur les bugs rencontrés.

Bien qu’il y ait de pour et des contre un test fermé, Vijay Pande a décidé qu’il était temps d’améliorer la transparence dans le projet Folding@Home en général, et dans le bêta test fermé en particulier. A partir de maintenant, le forum dédié au bêta test fermé (bet) sera ouvert à tous en lecture. Cependant, afin de maintenir la qualité des retours, seuls les membres de l’équipe bêta pourront écrire dans ce forum (mais comme toujours, vous pouvez demander à rejoindre cette équipe si vous êtes intéressés par le test de nouvelles WUs).

L’idée de Vijay est que ceci montrera tout le dur labeur qui est effectué pour tester les unités et que cela répondra à certaines questions qui reviennent souvent. Dans le même esprit, l’accès à l’interface de gestion des bugs du client v7 avait également été ouvert en lecture pour que tous les utilisateurs puissent suivre l’avancement du développement du nouveau client.

Il se passe de nombreuses choses en coulisses, et Vijay est très heureux de le montrer, tout en espérant que le processus sera mieux compris et apprécié par les utilisateurs.

Source : Blog de Vijay

Quelques changements dans le système de statistiques

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Des changements dans le système de statistiques sont devenus nécessaires pour maintenir une cohérence entre le site et les fichiers texte d’export (comme par exemple http://fah-web.stanford.edu/daily_user_summary.txt.bz2 ). Le problème le plus important est la façon dont les passkey sont gérées et leur impact sur les classements des utilisateurs. Il faut préciser que ces modifications ne changeront pas les points attribués aux unités ou quoi que ce soit d’autre que la façon dont les utilisateurs sont listés dans les classements.

Les passkey sont un ajout relativement récent à Folding@Home qui fut introduit par le client v6 comme identifiant unique qui lie vos contributions directement à vous (et pas seulement à votre nom d’utilisateur). L’utilisation d’une passkey empêche un autre utilisateur de tricher en utilisant votre nom.

Afin que les fichiers d’export des statistiques correspondent au site Web en terme de classement des utilisateurs, il faut changer à la fois le site et les exports. Le site ignore actuellement les comptes avec passkey (ce qui était nécessaire pour faire une commande SQL count (*) rapide) alors que les fichiers d’export agrègent tous les comptes avec passkey sous le même nom d’utilisateur et les organise ensuite par somme des points pour ce nom d’utilisateur.

La solution retenue pour résoudre ce problème est de considérer chaque combinaison de nom d’utilisateur (username) et de passkey comme un participant unique en terme de classement, à la fois dans les exports que sur le site. Ceci devrait permettre aux deux de garder une cohérence. L’équipe a passé en revue les autres solution, mais rien de correspond mieux au double objectif de rapidité pour le site Web et d’être cohérent. Bien entendu, les passkey ne seront pas incluses dans le ficher d’export (celles-ci devant rester connues uniquement des utilisateurs aux quels elles appartiennent), bien qu’il soit envisagé de les distinguer en révélant les deux derniers chiffres. Ceci serait suffisant pour identifier les différents comptes sans avoir à révéler d’information critique.

Dans les jours à venir, les fichiers d’export seront au nouveau format. Après le premier mai, le site Web sera lui aussi migré à ce format. Le délai entre les deux modifications a été prévu pour que les sites de statistiques externes puissent mettre leurs scripts à jour.

Les sites de statistiques externes auront toujours le choix d’agréger les comptes selon l’ancienne méthode ou selon la nouvelle. Ces changements sont principalement mis en place pour que les statistiques officielles soient cohérentes dans les différentes formes dans lesquelles elles sont disponibles.

Source : Blog de Vijay

La v7 dans le Wiki de FAH-Addict !

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La v7 dans le Wiki de FAH-Addict !
Le client v7 vient tout juste d'arriver et il change tellement de choses que nous devons tous tout réapprendre.
Le Wiki de FAH-Addict est aussi là pour que tout le monde puisse ajouter sa petite pierre.

Nous vous proposons aujourd'hui de pouvoir "Geeker" un peu sur votre fichier de configuration : Configuration avancée du client v7 à la main

Si vous avez trouvé d'autres choses, n'hésitez pas à les rajouter. C'est un Wiki, on rajoute, on change, on retire ... mais rien n'est figé ;)

OpenMM OpenCL (Core 16) disponible pour ATI/AMD !

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Avec la sortie du client v7 nécessaire au support de ce core il y a quelques jours, nous ne pouvions que nous en douter : Stanford vient d’activer le tout nouveau core 16 (OpenMM utilisant OpenCL) pour les cartes ATI/AMD.

Attention cependant, cette version est encore immature, il n’est donc pas recommandé de l’utiliser si vous ne souhaitez pas participer à son amélioration en tolérant quelques plantages et en les rapportant …

Pour recevoir des unités utilisant ce core, vous devez donc vous munir d’un client v7 configuré en advmethods, d’un GPU compatible et de drivers incluant le support d’OpenCL (tous les drivers 11.x incluant le package APP). Dans ces conditions, vous recevrez peut être (le stock est très limité pour cette première phase des tests) une unité du projet 11293.

Ce projet simule un peptide bêta amyloïde complet à haute température. Ces simulations sont très similaires à celles qui ont déjà été effectuées sur le core OpenMM CUDA (core 15) et servent de validation scientifique pour le core 16. Le projet dispose des caractéristiques suivantes (la carte de référence est une GeForce GTX 460 tout comme pour les projets core 15) :

  • 627 atomes (c’est donc une petite protéine)
  • Serveur 171.67.108.44
  • Deadline préférable : 6 jours
  • Deadline finale : 10 jours
  • 1835 points

Nous avons testé ce core avec ce projet sur une carte graphique Radeon HD 5770 (800 shader processors @ 850 MHz) overclockée à 960 MHz alimentée par un processeur Intel Core i7 920 overlocké à 3.5 GHz fonctionnant sous Windows XP avec les drivers 11.3. Sur cette machine nous obtenons 6650 PPD avec une utilisation GPU de 100%. Nous obtenons donc une efficacité de 70 PPD / W environ, ce qui représente quasiment le double de ce qu’obtenait cette carte lors de notre test. L’efficacité est également comparable à celle d’une GeForce GTX 590

Sur notre machine de test, le fonctionnement du core 16 est totalement transparent, et nous pouvons continuer à utiliser la machine comme d’habitude pour surfer, regarder des vidéos ou jouer.

Malheureusement, il existe quelques points noirs : le premier, est une consommation CPU et RAM élevée sur notre machine de test. Le core 16 mobilise un thread de notre i7 à 100% pour fonctionner, et il nécessite 375 Mo de RAM. Espérons que tout ceci s’améliorera au fil des optimisations à venir. Le second point est plus problématique : certains utilisateurs ont rapporté des plantages (freezes) de leur machine lorsque que le core fonctionne en parallèle de certaines applications (comme Flash par exemple). Ces plantages semblent se produirent uniquement sur les cartes équipées d’une puce Cayman (HD 6900). Les développeurs ont été capable de reproduire le problème, espérons qu’une solution sera trouvée rapidement.

A vous de nous dire comment ce core se comporte chez vous …

Source : Blog Officiel

Le client Folding@Home version 7 entre en bêta ouverte !

Par , le dans Projet Folding@Home - 8 Commentaires
C’est avec une certaine émotion au vu de l’attente suscitée par cette version que nous annonçons aujourd’hui la sortie du client Folding@Home dans sa 7ème version majeure en bêta ouverte après de nombreux mois de développements et de tests ! Ce client est une réécriture complète et il est disponible sur les plateformes Windows, Linux et OSX. Ce client a été développé avec dans l’optique suivante :

  • Rendre l’installation et l’utilisation du client simple pour le débutant (rappelez-vous, avant de devenir Addicts … et oui ;))
  • Unifier l’interface de contrôle et de surveillance du client qui intègre maintenant des fonctionnalités éparpillées entre plusieurs clients.
  • Concevoir un client qui puisse rapidement être étendu pour incorporer de nouveaux cores dans nécessiter de nouvelle version du client
  • Améliorer les points faibles de clients actuels : le support du SMP, du GPU et le viewer 3D.

Téléchargement du client
Avant de continuer, il est recommandé de lire les guides disponibles dans la documentation, mais si vous être impatients, vois trouverez le client ci-dessous :


Documentation

Les guides d’installation et d’utilisation officiels peuvent être consultés ici : https://fah-web.stanford.edu/projects/FAHClient/

Une petite FAQ a également été compilée sur le forum officiel (en anglais) : http://foldingforum.org/viewtopic.php?f=67&t=18043

Fonctionnalités principales du client v7

Ce dispose de nombreuses fonctionnalités, mais voici celles qui nous paraissent les plus intéressantes !

  • Installeur amélioré supportant Windows XP, Vista, 2008 et Seven
  • Packages d’installation 64 bits pour OSX (la version 32 bits étant en cours de construction
  • Packages d’installation pour Debian/Ubuntu et RedHat/Fedora/CentOS en versions 32 et 64 bits
  • Fonctionnement en arrière plan à faible priorité pour vous permettre de continuer à utiliser votre machine comme d’habitude
  • Un viewer de protéine en 3D plus stable et compatible avec plus de matériel disposant de différends modes de visualisation, de rotation, de zoom et d’animation des protéines
  • Client intégré incorporant trois éléments : le client (FAHClient), l’interface de configuration et de surveillance (FAHControl) et le viewer (FAHViewer)
  • Trois modes d’utilisation de l’interface : débutant, avancé et expert
  • Support des slots de calcul multiples (Uniprocessor, SMP et/ou GPU)
  • Possibilité de surveiller, de configurer et de controler plusieurs clients Folding@Home à distance à partir d’une seule machine
  • Surcharge CPU réduite de la part des outils du client (FAHClient, FAHControl et FAHViewer). Le surcharge liée au viewer peut être réduite en désactivant la rotation et l’animation de la protéine.
  • Client unique remplacement le client monocore, le client SMP et le client GPU.

Rapports de bugs

Bien que le client v7 ait subit de nombreux mois de test, il reste probablement quelques bugs à corriger ou fonctionnalités à implémenter voire même quelques problèmes non encore détectés, en raison de la complexité inhérente au calcul distribué, aux nombreuses fonctionnalités du client Folding@Home et à la difficulté à maintenir en conditions opérationnelles un logiciel pour Windows, Linux et OSX. Le processus de bêta test va permettre de tester les nouvelles fonctionnalités et de corriger les bugs restants avant de passer le client en version stable.

Afin d’améliorer la transparence des processus de développement utilisés à Stanford, Vijay Pande a décidé d’ouvrir le système de rapport de bugs/demande de fonctionnalisé en lecture seule à tous les utilisateurs. Chaque ticket ouvert représente un bug ou une demande de fonctionnalité. Ceci devrait vous permettre de vérifier si ce que vous souhaitez rapporter a déjà été signalé et ainsi éviter les doublons dans un soucis de transparence et d’optimisation des rapports des utilisateurs de la bêta publique. Le système utilisé est Trac et vous pouvez le consulter à l’adresse suivante : https://fah-web.stanford.edu/projects/FAHClient/report/3

Obtenir de l’aide

La documentation officielle reste le point de départ indispensable pour trouver une information, mais si ceci n’est pas suffisant, vous avez deux possibilités pour obtenir de l’aide supplémentaire :



Conclusion

Toute l’équipe de FAH-Addict se joint à l’enthousiasme de l’équipe du projet Folding@Home autour de ce nouveau client qui marque une évolution importante dans le domaine des clients du projet et nous espérons qu’il permettra d’accélérer le rythme des découvertes du projet dans la compréhension du repliement des protéines ainsi que de la recherche de traitement pour les maladies les plus effrayantes qui touchent notre société. L’équipe de recherche tient à remercier les participants pour leurs contributions (que ce soit par la puissance de calcul qu’ils apportent au projet que par l’aide qu’ils prodiguent aux autres utilisateurs via les forums des équipes et des sites partenaires) sans lesquelles le projet Folding@Home ne pourrait pas exister.

Torturez bien ce nouveau client, et n’hésitez pas à poster votre retour d’éxpérience.

Note : le core 16 OpenMM pour AMD/ATI n’étant pas encore prêt, celui-ci n’est pas encore disponible malgré la sortie du client v7.

Note 2 : actuellement, seul FAHControl est capable de surveiller ce client ... les applications tierces ne sont pour l'instant pas compatibles.

Source : Blog de Vijay

Nouveaux projets pour Gromacs A4 : p10063-10082

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Dans les projets 10063 à 10082, Badi' Abdul-Wahid étudie les structures mutantes du domaine WW. Les simulations se basent sur les structures découvertes par Feng Liu dans son article intitulé « An experimental survey of the transition between two-state and downhill protein folding scenarios ».

Les projets disposent des caractéristiques suivantes :

  • Serveur : 129.74.85.15
  • Points 242
  • Deadline préférable : 4 jours
  • Deadline finale : 8 jours

Ces projets sont configurés pour les clients monocores seulement.

Source : Forum Officiel

Nouveaux projets pour Gromacs A3 : p6952-6979

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Peter Kasson a mis en ligne une nouvelle série de projets étudiant le virus de la grippe : les projets 6952 à 6979. Ces projets viennent compléter les études déjà réalisées par de nombreux projets SMP comme la série 6050-6078. Ce virus est un peu la mascotte du client SMP ;) (et surtout le sujet principal d’étude du Professeur Kasson).

Ces projets sont actuellement accessibles en –advmethods et ils disposent des caractéristiques suivantes :

  • Serveur : 128.143.199.96
  • Atomes : 77 113
  • Points: 552
  • Deadline préférable : 2.7 jours
  • Deadline finale : 4 jours
  • Facteur de bonus : 3.33

Source : Forum Officiel

GeForce GTX 590 : attention à la casse et premiers tests sous Folding@Home.

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GeForce GTX 590 : attention à la casse et premiers tests sous Folding@Home.
Si vous êtes l’heureux propriétaire d’une GeForce GTX 590 de nVidia, faites très attention à la version des drivers installée sur votre machine.

Assurez-vous de disposer de la version 267.85 qui est la seule à supporter officiellement la GTX 590 et surtout à gérer correctement sa protection contre les surcharges, l’OCP (Over Current Protection). On peut ici reprocher à nVidia de gérer cette protection via ses drivers au lieu d’utiliser une solution matérielle, comme le fait AMD sur ses cartes, qui éviterait ce type de problèmes.

Les cartes sont actuellement fournies avec le driver version 267.52 qui ne supporte pas l’OCP. Soyez donc vigilant, sinon voici ce qui pourrait arriver à votre carte :



Sur une note un peu plus enthousiaste, PCINpact a pu tester la GTX 590 sous Folding@Home : le résultat est de 13 000 PPD par GPU sur le projet 6801, soit un total de 26 000 pour la carte. La consommation à la prise était de 360 W, ce qui donne une efficacité de 72 PPD/W. On est encore loin de l’efficacité des projets BigAdv …

Source : PCINpact