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1000 ème visiteur !

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Après un peu plus d'un mois d'existence, nous fêtons la 1000 ème visite sur FAH-Addict !
Merci à vous de passer nous voir régulièrement, nous sommes heureux de voir que la mayonnaise prend entre vous et le concept. Certes pour le moment les débuts sont modestes, mais parvenir a ce résultat sans faire de campagne de pub extraordinaire, c'est déjà beaucoup pour nous !
Cet été nous allons continuer à vous proposer les news du projet, même si de toute évidence, les congés vont réduire la cadence des sorties chez Stanford. Nos projets pour la rentrée, c'est surtout internationaliser le site, la mayonnaise prendrait bien aussi avec nos amis anglophones, mais ils sont bloqués par la barrière de la langue. Pour se faire, nous allons recruter un 4ème admin, mais anglophone natif, pour qu'il rédige une partie du contenu rédactionnel en anglais, et nous aide a rédiger les nôtres.
FAH-Addict devra donc (déjà !) changer de sous-titre abandonnant le "première source d'information francophone du projet Folding@Home" pour un slogan plus choc, plus internationaliseable, qui reste encore à définir. (si vous avez des idées ...)
N'ayez pas de craintes pour le coté francophone du site, nous allons traduire 100% du contenu anglais en français, en aucun cas le français deviendra la langue minoritaire du site. Le but est de concilier toutes les demandes sur un même domaine pour informer le plus grand monde possible !

Keep on folding ;)

Adanorm, toTOW et Frodo
Les admins.

Test préliminaire des performances du Noyau Linux 2.6.31(rc2)

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Phoronix, un très bon site de hardware pour linuxiens vient de sortir un petit comparatif de performances de noyaux. Sur une Ubuntu, les kernels 2.6.29 / 2.6.30 et 2.6.31 rc 2 sont confrontés.
Il en ressort que 2.6.30 et 2.6.31 sont très proches en performances. Ce qui est une bonne nouvelle pour Ubuntu 9.10 qui sortira armé du noyau 2.6.30 !
Toutefois, pour FAH, le problème se situe autour des performances de MPI, or pour le moment aucun résultat n'est connu !

Le comparatif chez Phoronix (en anglais)

Nouveau projet en advmethods : 3770

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Nouveau projet en advmethods : 3770
Une fois n'est pas coutume, nous allons nous intéresser à un projet qui vient d'être lancé en -advmethods : le 3770.

Cette série de simulations a pour but de compléter les connaissances du "capuchon" de la protéine Villin (Villin headpiece).
Villin headpiece est une petite protéine de 36 résidus en hélice alpha qui a été étudiée en détails, car c'est une des plus petites protéines connues, et surtout l'une des plus rapides à se replier. Le temps de repliement moyen de cette protéine est de l'ordre de 10 microsecondes, et les simulations sous Folding@Home durent une centaine de microsecondes afin de recueillir un maximum d'informations sur le processus.
La protéine Villin permet de maintenir un maillage de fibres (à partir de la protéine d'actine) qui sert de squelette de la cellule.

Si vous souhaitez vous documenter sur cette protéine, un article complet est disponible sur Wikipedia. (en anglais)

Le projet 3770 est accessible avec le paramètre -advmethods. Il est géré par Greg Bowman et utilise le core Gromacs classique (FahCore_78). Chaque WU rapporte 186 points et doit être retournée sous 53 jours.

Nouvel article : Optimisations VMWare.

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Vous en aviez rêvé (ou pas), FAH-Addict l'a fait. :hehe

L'article détaillant les différentes optimisations pour plier plus efficacement avec VMWare vient d'être publié. Venez découvrir comment plier sur quatre cores avec une seule VM ou encore comment faire cohabiter vos VM avec vos clients GPU.

Lire l'article Optimisations VMWare.

Virtualbox 3 disponible.

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Virtualbox, concurrent gratuit de VMWare, développé par Sun nous arrive en version 3.0.0 finale. Cette version apporte trois nouvelles fonctions importantes :

  • Support jusqu'à 32 CPU virtualisés (uniquement si l'Intel VT-x ou l'AMD-V est présent)
  • Support de DirectX 8 et 9 dans la machines virtuelles Windows pour les applications et les jeux
  • Support d'OpenGL 2.0 pour les systèmes invités Windows, Linux et Solaris.


La liste complète des améliorations et correction de bugs est disponible sur le site de Virtualbox (en anglais).

Cette version est disponible sur la page dédiée aux téléchargements. (pour Windows x86/amd64, OSX Intel, Linux, Solaris et OpenSolaris).

Un test devrait être publié prochainement sur FAH-Addict afin de vérifier le bon fonctionnement de la solution dans l'optique d'une utilisation sous Folding@Home.

Lancement du blog Free Range Science.

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Cette fois ci, voici une news qui ne concerne pas uniquement Folding@Home mais plutôt le monde scientifique en général.

Dan Ensign, du Pande Group, vient de créer un blog nommé Free Range Science qui servira de source d'informations scientifiques. Dan nous fera également part de ses points de vue sur différends thèmes et publications, tout en essayant de rendre les différends sujets traités abordables pour les néophytes. N'hésitez pas à lui soumettre vos questions, il se fera un plaisir de vous apporter un réponse claire.

Deux autres membres du l'équipe du projet Folding@Home seront aussi de la partie et interviendront sur le blog : Del Lucent et Imran Haque.

Visiter Free Range Science. (en anglais)

Windows 7 déjà en promo !

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Du 15 juillet au 14 août prochain, Microsoft lance une opération séduction pour préparer le lancement de son nouvel OS, Windows 7. Une promo très alléchante pour une version boite : Windows 7 Édition Familiale Premium à 49,99 € et Windows 7 Professionnel à 109,99 €.
Attention, il n'y aura que 76 000 élus !

Pour Folding, pas de changements majeurs, plier sous Seven c'est comme plier sous Vista, les performances resteront identiques, tout comme les aléas d'installation (même fonctionnement des drivers GPU, même précautions à prendre vis à vis du système de contrôle des comptes utilisateur).

Mise à jour du client Windows SMP

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Comme vous le savez, certains clients Folding@Home ont encore le statut de bêta publique. Ces clients ont donc une date d’expiration à partir de laquelle il sera impossible de les relancer (mais ils continueront à fonctionner si vous ne les arrêtez pas).

Le client Windows SMP 6.23 actuel expirera le 4 juillet 2009. Il est donc temps de mettre à jour dès maintenant pour pouvoir continuer à plier après cette date. Le fichier exécutable de remplacement est disponible ici (version 6.24R3) (checksum MD5 : 5c14c566e11b69273477d7ca102c40c4 ). Ce fichier fonctionnera avec les deux versions du client SMP (MPICH, option –smp et DeinoMPI, options –smp –deino). Pour mettre à jour, il suffit de remplacer le fichier exécutable de votre client par cette nouvelle version. Les versions avec installeurs devrait suivre sous peu.

Ce nouveau client expirera désormais le 4 juillet 2010, bien qu’il ne sera probablement plus utilisé bien avant : de nouveaux cores SMP qui nécessiteront un nouveau client sont en préparation. Il faut également noter que la sortie de ces nouveaux cores devrait signer l'arrêt de mort du core SMP A1.

Vijay Pande fait de l'humour

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Twitter, inutile et donc indispensable, est un site communautaire où un membre diffuse des mini-messages à ses "followers" pour raconter des banalités, ou parfois des choses plus intéressantes.
Vijay Pande, le responsable du projet Folding@Home qui hier parlait dans son blog de son compte Twitter vient, il y a quelques instants, de diffuser une petite bande dessinée humoristique à propos de FAH.

Pour recevoir les notifications Twitter de Vijay, c'est ici.

En coulisses : comment se passe le développement et la maintenance de FAH ?

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Une des questions que les plieurs peuvent se poser est : comment se passe le développement des clients, des serveurs et des cores, et la maintenance du projet. Beaucoup se posent aussi des questions sur l’avancement du développement des différends projets et de leurs cores associés. Cette news a pour but d’apporter quelques réponses et de faire le point sur les différends développements.

Cette news étant longue, cliquez sur « Lire la suite » pour y accéder.