Nouveaux projets GPU2 nVidia : p5787-5798

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Nouveaux projets GPU2 nVidia : p5787-5798
Deux nouvelles séries de projets viennent d’être mis en ligne par Vincent Voelz pour le client GPU2 nVidia : les p5787-5792 et les p5793-5798.

Ces projets sont des simulations à température constante d’un domaine SH3 composé de 941 atomes appelé drkN. Ces simulations démarrent à la fois d’états repliés et d’états non repliés en utilisant un modèle de résolution implicite. Ce sont les premières WUs qui ne sont pas destinées à valider le client GPU. En effet, ces dernières vont faire un traitement dont les résultats ne sont pas connus à l'avance et donc devraient servir à une nouvelle publication.

La protéine drkN est une cible intéressante pour la simulation car c’est un exemple de protéine intrinsèquement désordonnée qui a déjà fait l’objet d’études. L’avantage de ces simulations sur GPU sera d’obtenir rapidement des ensembles d’états non repliés de cette protéine qui pourront être comparés aux données expérimentales.

Les projets p5787-5792 sont des séquences naturelles de la protéine alors que les projets p5792-5798 des mutants (T22G) qui sont connus pour se stabiliser dans leur état replié.

Ces projets rapportent 787 points par unités et ils devront être retournés si possible en moins de 4 jours, et en dernier lieu en moins de 6 jours.

Bon pliage à tous !