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Nouveaux projets monocore : 10200-10205

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Greg Bowman vient de mettre en ligne une nouvelle série de projets qui vont utiliser le tout dernier core A4 : les projets 10200 à 10205.

Dans cette série, il s’intéresse aux conformations accessibles pour un récepteur adrénergique beta-2 (b2AR), un récepteur se liant à la membrane du récepteur de la protéine G (GPCR) à l’aide de sept hélices trans-membranaires. b2AR est l’un des rares GPCR (sur environ 1000 candidats) pour laquelle la structure a été déterminée récemment à l’aide de la cristallographie à rayons X au niveau atomique.



Le recepteur adrénergique beta-2 entouré de solvant (H2O)


Les GPCR ont une grande importance car ils sont impliqués dans la majorité des processus d’échange de signaux à travers la membrane des cellules et de plus, en tant que cible thérapeutique, ils représentent pratiquement la moitié des médicaments actuellement disponibles sur le marché.

L’équipe espère que grâce au recensement des conformations accessibles pour b2AR, elle sera capable d’identifier les états importants de conformation de la protéine et les propriétés thermodynamiques correspondantes. L’équipe espère également pouvoir transférer les connaissances qu’elle acquerra aux autres GPCR dont la structure n’a pas encore été résolue.

Ces simulations sont menées en utilisant le champ de force Amber03 avec les paramètres de Berger pour les molécules lipidiques dans un solvant utilisant le modèle TIP3P de l’eau.

Ces projets sont distribués par le serveur 171.67.108.39. Chaque WU comporte 58 724 atomes et représente 0.5 ns de simulation. Elles rapporteront 493 points et devront être terminées de préférence en moins de 92 jours et au plus tard en moins de 136 jours.

Source : Description du projet.

Plier sur une Radeon HD6800, c’est possible !

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Plier sur une Radeon HD6800, c’est possible !
Il semblerait que j’avais tord dans ma news annoncant que les Radeon HD6000 auraient besoin d’un nouveau client et d’un nouveau core pour fonctionner.

Si j’avais tord sur le fait que le client actuel ne serait pas suffisant, j’avais raison sur le fait que les performances ne seraient pas de premier ordre.

Tout ceci vient d’être confirmé par deux utilisateurs du forum officiel, Tobit et mdk777. Le client actuel (6.23) est parfaitement capable de fonctionner sur les nouvelles cartes d’AMD en ajoutant simplement le flag –forcegpu ati_r700 (tout comme sur une Radeon HD5000).

Malheureusement, les performances sont décevantes, le core actuel n’étant pas capable d’utiliser efficacement les unités de calculs supplémentaires de ces puces.

mdk777 a obtenu 3153 PPD (p5733) sur sa HD6850 fonctionnant aux fréquence d’origine. Avec la ventilation réglée à 70% manuellement, il a été capable de maintenir le GPU à 50°C. Après me sure à la prise, la différence de consommation entre l’état repos et l’utilisation du client FAH est de 115W.

De son coté, Tobit a tenté l’expérience sur une HD6870. Il a obtenu 3618 PPD, mais ne nous a pas fournit d’informations sur la température de fonctionnement de sa carte ou sa consommation.

A titre de comparaison, je vous invite à lire (ou relire) notre test de la Radeon H5770 ...

Il nous reste plus qu’à attendre la sortie des Radeon HD6900 à la fin de ce mois de novembre et du nouveau core OpenCL pour espérer voir une certaine amélioration des performances du côté rouge de la force …

Source : Forum Officiel

Google va recabler le campus de Stanford en Gigabit !

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Larry Page et Sergey Brin, les fondateurs et dirigeants de Google ont fait leurs études à l'université de Stanford (au département informatique, pas au département de biochimie que nous connaissons si bien). C'est peut être ce qui les a motivé à investir dans un tout nouveau réseau ultra haut débit offrant à chaque étudiant du campus une connexion Internet à 1 GB/s, soit 100 fois plus que la connexion moyenne d'un internaute.

La primeur est donnée à l'université, mais cette opération va se renouveler de nombreuses fois dans de nombreuses localités des Etats Unis qui ont posé leurs candidatures à l'éligibilité de cette offre. Un réseau à 1 GB/s ne laissant pas indifférents les technophiles et industriels ;)

En espérant que tout ce débit n’engorge pas les lignes qui alimentent nos précieux serveurs … :siffle

Source Le Monde

Le point sur les nouveaux projets Folding@Home des deux dernières semaines

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Etant actuellement débordé, veuillez m’excuser pour le manque de nouvelles sur FAH-Addict ces derniers temps. Afin de me rattraper (un peu), voici donc un point sur les dernier projets lancés par l’équipe du Professeur Pande depuis le 10 octobre.

Client monocore
Le projet 10412 utilisant le nouveau core A4 a quitté le mode Advmethods et est désormais accessible à tous sans utilisation de flag spécifique. Je vous invite à relire cette news à propos de ce projet 10412 et du core A4.

Client GPU2
Greg Bowman a lancé le projet 10111 pour client GPU2 sur nVidia. Celui-ci vient compléter les travaux sur l’ubiquitine entamés par le projet 10109. Il est distribué par le serveur 171.64.65.71. Il contient 1174 atomes et rapporte 494 points. Vous devrez retourner vos Wus de préférence ne moins de 2 jours et au plus tard en moins de 3 jours.

Client GPU3
Yu-Shan Lin a mis en ligne deux séries de projets pour client GPU3 non-Fermi : projets 11161 à 11168 et projets 11169 à 11181. Ces projets simulent le peptide bêta-amyloïde en utilisant la méthode Generalized Born comme modèle implicite de solvant. Ces projets sont distribués par le serveur 171.67.108.31. Ces projets disposent de caractéritiques très proches : entre 600 et 630 atomes, environ 1300 points par WU, une deadline préférable de 20 jours et une deadline finale de 29 jours.

FahMon passe en version 2.3.99.3 et gère le bonus SMP2 et BigAdv !

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Après de très (trop ?) longs et loyaux services, la version 2.3.99.1 de FahMon a laissé place en début de semaine à une version 2.3.99.2 gérant (enfin !) le fameux bonus introduit avec BigAdv et puis porté sur SMP2.

Malheureusement, cette version 2.3.99.2 aura eu une vie très courte due à l'impossibilité de lancer FahMon sur Vista et 7. Aujourd'hui arrive donc la version 2.3.99.3 qui corrige cette régression très gênante (ainsi que quelques correction sur la détection du core Fermi).

Rendez-vous sur notre page de téléchargement d'utilitaires pour Folding@Home pour trouver la version qui conviendra à votre OS.

Folding@Home et Ubuntu 10.10 : des débuts chaotiques ...

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Folding@Home et Ubuntu 10.10 : des débuts chaotiques ...
Si vous comptez mettre à jour votre distribution Ubuntu vers la nouvelle mouture 10.10 prenez garde. Actuellement le client SMP2 connaît de nouveau des perturbations. La façon de les corriger sera sûrement similaire à ce qui se faisait déjà, mais il va falloir attendre que quelqu'un trouve cette solution.

N'hésitez pas à remonter vos expériences ! Et si vous trouvez une solution, à nous la faire remonter ;)

Nouveau core pour clients classiques : Gromacs A4 et projet 10412

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Kyle Beauchamps, nouveau venu dans l’équipe, prend la suite de Peter Kasson dans le développement des cores basés sur Gromacs. Il s’occupera désormais des cores SMP A3 et du nouveau core monothread nommé A4.

Ce core est construit autour de la dernière version stable de Gromacs, la 4.5.1. Il inclus donc toutes les dernières avancées des développeurs en termes d’algorithmes de calcul. Ceci devrait ouvrir de nouvelles perspectives de recherche pour le projet Folding@Home.

Attention, ce core est le premier à nécessiter la présence du support des instructions SSE2. Ce core étant amené à prendre la place de tous les autres cores monothread basés sur Gromacs (78, 79, A0, ...), ceci pousse donc doucement les processeurs les plus anciens (avant Athlon 64 chez AMD et avant Pentium 4 chez Intel) vers la sortie … une nouvelle page se tourne.

Afin de confronter les résultats de simulations précédentes récentes, les premiers projets qui utiliseront ce core simuleront des protéines auxquelles nous avons déjà eu affaire. C’est donc tout naturellement que le projet 10412 actuellement lancé étudie cette bonne vieille protéine Villin. Cette série de projet simulera donc la tête de la protéine Villin à différentes températures et à différentes concentrations de dénaturant.

Le projet 10412 est utilisé comme base de contrôle, sans dénaturant et à une température de 300 Kelvin. Il est distribué par le serveur 171.64.65.80. Chaque unité comprend 576 atomes, rapporte 194 points et doit être retournée de préférence en moins de 13 jours et au plus tard en moins de 19 jours.

Dans un premier temps, ce projet (et donc ce core) est distribué uniquement aux machines Windows utilisant le flag –advmethods.

Source : Forum Officiel.

Joyeux anniversaire, Folding@Home : 10 ans !

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Oui vous avez bien lu, Folding@Home a eu 10 ans hier ! Depuis le lancement du projet le 1er Octobre 2000, Folding@Home a passé son temps à repousser les limites de ce qui semblait possible en matière de simulations informatiques, aboutissant à la publications de 75 publications de recherche. De nouvelles avancées sont bien sûr prévues dans un futur proche.

Après la migration des clients GPU vers OpenMM et la maturation du client SMP2, le Pande Group test actuellement la première réécriture complète du client depuis que le projet existes, connue sous le nom de v7, ainsi que les core OpenCL pour cartes nVidia et ATI. D’autres cores d’analyse scientifique sont également prévus, ainsi qu’un code serveur amélioré.

L’objectif principal de ces avancées est le support d’autant de matériel que possible, avec un code serveur amélioré dont le but est de permettre au projet de se développer sans devenir trop complexe.

Joyeux anniversaire au projet, et que l’aventure continue encore longtemps ! :)

Source : Blog Officiel

Nombreux projets passant de -advmethods à Public pour GPU2, GPU3 Fermi et monocore

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De nombreux projets viennent de quitter -advmethods pour passer en distribution publique (ie. aux clients n’utilisant pas de flags). Ces projets concernent les clients GPU2, GPU3 et monocore.

GPU3 Fermi :
Projets 10927 à 10978 et 11214 à 11265. Pour plus d’information, voir notre annonce lors du passage en –advmethods de ces projets.

Monocore :
Projets 11266 à 11287. Pour plus d’information, voir notre annonce lors du passage en –advmethods de ces projets.

GPU2 nVidia :
Géré par Greg Bowman, le projet 10109 vient de faire son apparition. Il se destine aux cartes nVidia et utilise le core GPU2. Il étudie le repliement de l’ubiquitine. Distribué par le serveur 171.64.65.71, ces unités comportent 1174 atomes et rapporteront 494 points. La deadline préférée est de 2 jours alors que la deadline finale est de 3 jours.


Représentation structurelle de l’Ubiquitine.