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Le client GPU3 passe en version 6.40r1 : détection des Compute Capability.

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News originale du 31/10/10 :
Mark Friedrichs vient de mettre en ligne une nouvelle version du client GPU3. Celle ci porte le numéro 6.40r1.

Le principal changement est le remplacement de la détection de la version de CUDA installée (qui apparaissait dans le GPU species) sur la machine par la détection des Compute Capability de la puce.

Les valeurs possibles sont les suivantes :
Citation:
1.0 -> 10
1.1 -> 11
1.2 -> 12
1.3 -> 13
2.0 -> 20
2.1 -> 21
inconnu -> 0


Ce changement a été motivé par l’incompatibilité du core 15 (OpenMM) avec les cartes disposant des Compute Capability 1.0 (soit une puce G8x). Ceci devrait donc éviter des plantages désagréables pour les propriétaires de ces cartes et ouvrir la voie à une meilleur détection du matériel, avec peut être un sélection des optimisations en fonction des possibilités des puces …

Cette nouvelles version se présente sous la forme de fichier exécutable de remplacement. Quittez votre client, et écrasez le fichier exécutable du client par la nouvelle vesion.

Version console : http://www.stanford.edu/~friedrim/Folding@home.exe_console
Version Systray : http://www.stanford.edu/~friedrim/Folding@home.exe_systray

Pensez à enlever _console et _systray du nom du fichier pour le rendre exécutable … ;)

Mise à jour du 27/01/11 :
La version Systray du client 6.40r1 (aussi référencée comme 6.41) est désormais disponible sur la page de téléchargement des clients haute performance.

Liste de changements :
  • Une nouvelle valeur pour le paramètre -forcegpu a été ajoutée : nvidia_g80_1.0 qui forcera les Compute Capabilities 1.0 (species=10)
  • L'ancienne valeur, nvidia_g80 forcera les Compute Capabilities 1.1 (species=11)
  • Si la valeur du paramètre -forcegpu n'est pas reconnue, le client affichera un pop-up d'erreur et s'arrêtera.


Source: Le blog de Vijay

Mise à jour du 15/02/11:
Le client console v6.41 est maintenant disponible sur la page de téléchargement des clients Haute Performance.

Un mois de nouveaux projets : p6883, p6887, p6801 et p6805

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La dernière quinzaine de décembre est habituellement calme, avec les congés de fin d’année à l’université de Stanford, puis la reprise est généralement progressive début janvier. Durant cette période, seule Yu-Shan Lin a mis en ligne de nouveau projets.

p6801 : OpenMM pour Fermi

Ce projet simule le peptide bêta amyloïde dans une configuration mutante, tout comme les autres projets OpenMM de la série 6800. Les unités du projet 6801 rapportent 1348 points et simulent un système de 634 atomes. La deadline préférable est de 5 jours et la deadline finale est de 10 jours. Ce projet est distribué par le serveur 171.64.65.64.

p6805 : OpenMM pour Fermi

Ce projet s’intéresse également au peptide bêta amyloïde, mais dans une configuration non mutante. Les unités rapportent 1280 points et simulent un système de 598 atomes. Elles devront être retournée de préférence en moins de 5 jours et au plus tard en moins de 10 jours. Ce projet est également distribué par le serveur 171.64.65.64.

p6883 : Gromacs 3

Grâce au core Gromacs, les simulations du peptide bêta amyloïde se font dans un modèle explicite de l’eau. Le projet 6883 simule un version mutante du peptide dans un système comportant 12226 atomes. Chaque unité rapporte 69 points, la deadline préférable est de 14 jours et la deadline finale est de 21 jours. Ces unités sont fournies par le serveur 171.67.108.33.

p6887 : Gromacs 3

Ce projet simule encore une fois le peptide bêta amyloïde. Un modèle explicite de l’eau est utilisé ici et le peptide est ici dans une version non mutante. Les unités de ce projet comportent 12219 atomes et rapportent 69 points. Les deadlines sont les mêmes que pour le projet 6883, tout comme le serveur de distribution.

Bon pliage à tous.

Client Folding@Home v7 prévu pour le premier trimestre 2011 !

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C’est maintenant officiel, Vijay Pande ayant avancé une estimation pour la sortie du nouveau client v7, le premier trimestre 2011 devrait marquer un pas important dans l’évolution du projet.

Bien entendu, la plage prévue est large, mais comme lors de tout test, des bugs de dernière minute peuvent encore survenir et retarder la sortie … espérons donc que tout se passera bien …

Pour rappel, le client v7 a été développé autour de deux axes majeurs qui faisaient défaut aux clients actuels : simplicité, autant du côté de l’utilisation et de l’accessibilité, et maintenabilité, pour l’ajout de nouvelles fonctions et l’amélioration des clients.

Comme d’habitude, ce client devrait ouvrir de nouvelles possibilités scientifiques, avec le support de fonctions nécessaires aux futurs cores de calcul actuellement en développement.

Nous ne manquerons pas de vous tenir au courant si des faits majeurs viennent contrarier (ou avancer) cette sortie.

Source : Forum Officiel

Nouveau projet OpenMM Fermi : p6806 et nouveau projet Gromacs 3 : p6881

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Yu-Shan Lin, actuellement très active, mets en ligne deux nouveaux projets.

p6806
Ce projet se destine aux client GPU3 et aux GPU de la génération Fermi. Cette étude fait partie de la deuxième phase d’études du peptide Abeta amyloïde qui va servir à déterminer les modèles de Markov pour ce peptide.

Ce projet sert aussi à évaluer les performances des nouveaux serveurs ainsi que d’une nouvelle version (2.15) sur core 15 Fermi. Les unités sont distribuées par le serveur 171.64.65.64 et rapportent 1348 points. La simulation comporte 634 atomes et les unités doivent être retournée en moins de 5 jours de préférence, et au plus tard en moins de 13 jours.

Attention : à partir de maintenant, le benchmark des unités GPU3 Fermi change. La GTX480 qui servait jusqu’à maintenant de référence est remplacée par une GTX460, afin de mieux coller à la répartition du parc chez les plieurs. L’ancienne référence, 12 889 PPD sur la GTX480, est remplacée par 9 787 PPD sur la GTX460. Cette valeur a été choisie en utilisant un projet simulant la protéine Villin (p10632, 611 points), celle-ci étant considérée comme une simulation de taille moyenne avec ses 582 atomes.

p6881
Ce projet utilisant le core Gromacs 3 fait également partie de la même série d’études, mais elle s’intéresse de son côté à une version mutante du peptide Abeta amyloïde simulée dans l’eau.

Les unités sont distribuées par le serveur 171.67.108.33 et elles comportent 12 233 atomes. Elles rapportent 69 points et doivent être retournées en moins de 14 jours de préférence et au plus tard en moins de 21 jours.

Sources : p6806 / p6881

Nouveau projet Gromacs 3 : p6885

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Ce projet vient compléter le travail de Yu-Shan Lin sur le peptide Abêta amyloïde, qui est un composant des plaques caractéristiques qui apparaissent dans le cerveau des patients atteins de la maladie d’Alzheimer.

Le projet 6885 utilise le core Gromacs 3 (Fahcore_78) et simule le peptide dans un modèle explicite de solution d’eau. Ce projet est distribué par le serveur 171.67.108.33. Chaque unité comporte 12 193 atomes et rapporte 69 points. Vous devrez avoir retourné ces unités en moins de 14 jours de préférence, et au plus tard en moins de 21 jours.

Source : Forum Officiel

Trois nouveaux projets monocore : p11289, p6880 et p6886

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Bien que l’actualité des deux dernières semaines fut calme du coté du projet Folding@Home, Yu-Shan Lin poursuit ses recherches autour du peptide Abêta amyloïde et alimente le client monocore avec trois nouveaux projets.

p11289
Dans ce projet, notre peptide est simulé dans l’eau en utilisant un modèle de champ de force ffamber99sbe.

Le projet est distribué par le serveur 171.67.108.33, chaque unité comporte 12 219 atomes et rapporte 69 points. Les unités doivent être retournées de préférence en moins de 14 jours et au plus tard en moins de 21 jours.

p6880
Le peptide Abêta amyloïde est ici simulé dans un modèle explicite de l’eau.

Les unités disposent des mêmes caractéristiques que le projet 11289, à l’exception du nombre d’atomes qui est ici de 12 222.

p6886
Enfin, le projet 6886 simule un mutant du peptide dans un modèle explicite de l’eau.

Chaque unité comporte 12 229 atomes, les autres caractéristiques étant identiques aux deux projets précédents.

Tous ces projets utilisent le core Gromacs 3 (Fahcore_78).

Source : Forum Officiel.

Nouveau projet Gromacs A3 « BigAdv » : p6900

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Après une longue période d’attente (et de pénurie), Peter Kasson vient enfin d’annoncer l’arrivée d’un nouveau projet « BigAdv ». Celui-ci porte le numéro 6900 et s’inscrit dans la continuité des études menées par les projets précédents de la série 268x.

Les performances seront donc comparables, ainsi que ses caractéristiques : 1 098 185 atomes, 8955 points, facteur k de 26.4. Ce projet d’adresse bien sur aux machines disposant de 8 cores et plus, les deadlines sont donc réduites en conséquence : moins de 4 jours de préférence (et pour profiter du bonus) et au plus tard 6 jours.

Les plieurs Européens seront heureux d’apprendre que ce projet est distribué par le serveur 130.237.232.141 situé à l’Institut Royal de Technologie en Suède.

Source : Forum Officiel

Nouveau projet Gromacs A4 : p10425

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Kyle Beauchamps poursuit ses expérimentations autour de la pièce de tête de la protéine Villin. Il vient de mettre en ligne le projet 10425 qui utilise le tout récent core Gromacs A4.

Cette simulation est réalisée à 278K sans dénaturant en utilisant le champ de force Amber99SB-ILDN qui a été développé un peu plus tôt cette année.

Ce projet est distribué uniquement aux clients Windows par le serveur 171.64.65.84. Chaque unité comporte 576 atomes, rapporte 193 points et doit être retournée de préférence en moins de 13 jours et au plus tard en moins de 19 jours.

Source : Forum Officiel

Nouveau projet GPU3 Fermi : p6811, les choses sérieuses commencent !

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Yu-Shan Lin continue d’alimenter le client GPU3 Fermi en nouveau projets avec l’arrivée du p6811. Celui-ci n’est disponible qu’en –advmethods, mais il marque un tournant dans ce que nous avons connu au niveau des caractéristiques des projets GPU.

Ce projet constitue la phase initiale de l’étude de la protéine monomère du prion. Le prion est une particule infectieuse protéique qui est responsable des maladie à prion comme la tremblante du mouton, l’encéphalopathie spongiforme bovine ou la maladie de Creutzfeldt-Jakob chez l’homme. Le système simulé est constitué d’un seul prion tronqué dans de l’eau. Cette étude doit conduire à la détermination des états de Markov pour le prion.

Ce projet est distribué par le serveur 171.64.65.64 et comporte 2150 atomes. Il rapporte 7202 points part WU qui doivent être retournées en moins de 13 jours de préférence, et au plus tard en moins de 18 jours.

De part le nombre d’atomes contenus dans ces unités, leur comportement sur nos GPU est différend de ce que nous connaissons : surveillez attentivement votre overclocking, ainsi que la température de vos GPUs. Sur les cartes les plus « bas de gamme » (inférieure à GTX 460 incluse), vous pouvez vous attendre à une perte de performance significative.

Grâce à Tobit du forum officiel, nous avons pu récupérer des chiffres pour toutes les cartes à base de Fermi :

  • GTX480 (700 core/1400 shaders) : environ 14 142 PPD
  • GTX470 (770 core/1540 shaders) : environ 14 500 PPD (l’overclocking important compense ici la perte de quelques shaders).
  • GTX460 (675 core/1350 shaders) : environ 8 550 PPD (9 371 PPD sur la carte de Tobit qui n’a pas précisé la fréquence)
  • GTS450 (850 core/1900 shaders) : environ 6 914 PPD

Comme vous pouvez le voir, les cartes disposant de moins de shaders commencent à montrer leur faiblesses … seules les plus grosses puces montrent une perte de performance nulle ou légère (le cas de la GTX 470 est par exemple aisément compensé par l’overclocking par rapport à la GTX 480).

Source : Desciption du projet et forum officiel.

Nouveau projet GPU3 Fermi : p6800

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Yu-Shan Lin vient de mettre en ligne un nouveau projet pour client GPU3 Fermi, le projet 6800. Il n’est actuellement disponible qu’en –advmethods.

Ce projet constitue la seconde phase d’expérimentations sur le peptide Abêta amyloïde. Ce peptide est un marqueur caractéristique de la maladie d’Alzheimer qui se retrouve sous forme de plaques dans le cerveau des patients. Le système simulé se compose d’un peptide Abêta amyloïde complet dans l’eau. Les résultats seront utilisés pour pour construire les modèles d’états de Markov pour le monomère Abêta et ils serviront de point de départ pour les prochaines études d’oligomerization.

Ces unités sont distribuées par le serveur 171.64.65.64 et comportent 626 atomes. Elles rapportent 1298 points et doivent être retournées en moins de 4 jours de préférence et au plus tard en moins de 10 jours.

Source : Description du projet

Mise à jour le 15/11 à 21H20 :
Ce projet vient de quitter le mode -advmethods pour une distribution publique.