FAHcon 2012 : Professeur Peter Kasson

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Au cours de la Conférence Folding@Home 2012, le Professeur Peter Kasson de l’Université de Virginie a présenté son travail sur le virus de la grippe et a expliqué pourquoi ce virus attirait autant l’attention.

Premièrement, le virus de la grippe tue environ 40 000 personnes aux USA chaque année, et bien plus dans le monde (environ 1 000 en France). Ces victimes sont souvent des enfants de moins de deux ans ou des adultes de plus de 60 ans. C’est forcément un sujet qui nous touche tous, car nous espérons tous avoir des enfants en bonne santé, et vivre au-delà de 60 ans … Deuxièmement, la grippe s’est déjà révélée capable de provoquer de graves épidémies, comme en 1918. Un virus similaire pourrait aujourd’hui tuer plus de 60 millions de personnes et nous aimerions donc être préparés à une telle éventualité. Enfin, le virus de la grippe est un modèle intéressant pour la compréhension des autres virus comme celui du VIH ou ceux provoquant des cancers comme le HPV (papillomavirus humain), le virus de l’hépatite C ou encore celui d’Epstein-Barr. Cela peut vous surprendre, mais beaucoup de cancers sont associés à un virus et ceci a donc une grande importance pour la prévention.

Nous avons beaucoup travaillé sur la façon dont le virus de la grippe entre dans les cellules pour pouvoir se répliquer. C’est une cible thérapeutique importante et il est donc critique de comprendre pourquoi des virus tels que le H5N1 (« grippe aviaire ») n’ont pas été capable de se transmettre efficacement entre humains. Une partie du travail récent sur le sujet s’intéresse au repliement d’une protéine dans la membrane qui est nécessaire à l’entrée du virus. L’équipe du Professeur Kasson a obtenu des résultats intéressant, et nous publierons une news lorsque ceux ci seront publiés.

Le chercheur a également présenté un nouvel ensemble logiciel qui semble prometteur : Copernicus. Les groupes des Professeurs Peter Kasson, Eric Lindhal et Vijay Pande avaient publié un premier article en 2011 sur le sujet et ont poursuivi le développement. Copernicus permet de rendre le contrôle du back-end des simulations à grande échelle plus transparent, de façon à ce que les chercheurs de Folding@Home puissent facilement intégrer de nouvelles méthodes de simulation. Ce logiciel fonctionne également sur les superordinateurs et sur les plateformes de cloud computing afin de compléter si nécessaire les simulations réalisées sur la plateforme Folding@Home. Ceci permet également aux autres chercheurs ne participant pas au projet d’avoir accès au type de simulations que nous réalisons sur FAH. Tous ces changements sont situés coté serveurs, les plieurs que nous sommes ne devraient donc pas voir de différence dans le comportement du client. Grâce à Copernicus, nous verrons par contre apparaître de nouveaux domaines de recherche.

Source : Blog de Vijay