Présentation du laboratoire de Vincent Voelz, université de Temple

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Présentation du laboratoire de Vincent Voelz, université de Temple
Le laboratoire du professeur Vincent Voelz a démarré ses activités en Août 2011 à l’université de Temple à Philadelphie. Deux serveurs pour le projets Folding@Home ont été installés là bas et les premières simulations hébergées là bas ont été démarrée cet été. Dans le même temps, l’équipe a eu accès au cluster de calcul haute performance de l’institut des sciences moléculaires informatiques de l’université de Temple pour générer des données de départ pour ces simulations.

L’un des objectifs principaux de ce laboratoire est d’utiliser les simulations moléculaires pour réaliser de la conception mathématique de repliements et des propriétés de liaison. La conception requiert de tester le repliement de nombreuses séquences protéiniques possibles, qui est une tâche classique pour une plateforme de calcul distribué comme Folding@Home. L’ équipe travaille à renforcer les modèles d’états de Markov de la dynamique conformationnelle pour réaliser des estimations des effets des perturbations des séquences. Un bon point de départ pour tester cette idée est de commencer à étudier des protéines pour lesquelles de nombreuses séquences ont été caractérisées pour voir s’il est possible de prédire des changements dépendants d’une séquence. Beaucoup de ces mutations de séquences sont importantes dans des maladies humaines, le professeur Voelz espère donc obtenir des résultats intéressants sur ce point.


Le cluster de calcul haute performances de l'Université de Temple.



Source : Blog de Vijay