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Point d’avancement du développement du client v7

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Beaucoup de travail a été réalisé en coulisse sur le client v7. Le développement a clairement pris plus de temps que prévu, mais Vijay Pande souhaite faire un point d’avancement. Le développeur en charge de l’écriture du nouveau client, Joseph Coffland, travaille dur à l’ajout de nouvelles fonctionnalités et à la chasse aux bugs rapportés par les testeurs. Les exemples sont nombreux, mais trop nombreux pour être détaillés ici. Je vous invite donc à visiter la source de la news pour lire le Changlog complet. Ceci vous donnera une idée du processus de développement du client.

Joe et Vijay pensent que la sortie est proche et que si la version 7.1.18 passe correctement les tests internes, elle deviendra la base de la beta publique du client.

Souce : Blog de Vijay

Le système de bonus en test sur clients monocores

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Comme vous le savez probablement, depuis les projets BigAdv puis les proejts SMP2, il existe un système de bonus visant à inciter les utilisateurs à retourner leurs résultats le plus rapidement possible.

Le système est actuellement en test sur les clients monocores en vue de son extension, puisqu’il est possible qu’à terme, tous les clients en bénéficient. Actuellement, seuls certains projets utilisant le core monocore Gromacs A4 en bénéficient, comme par exemple les projets 10436 et 10437.

Il faut insister sur le concept de test : dans un système aussi compliqué que Folding@Home, de nombreuses implications non prévues peuvent apparaître. Le système sera donc modifié au fur et à mesure dans le but d’obtenir quelque chose qui reflète en points la réalité des besoins scientifiques.

Source : Blog de Vijay

Nouveaux projets SMP Gromacs A3 : p7100-7154

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Une nouvelle série de 54 projets vient de faire sont apparition : les projets 7100 à 7154. Ceux ci sont sous la responsabilité d’un nouveau chercheur de l’équipe, Per Larsson. Per travaille actuellement comme post-doctorant dans l’équipe de Peter Kasson à l’Universtié de Virginie après avoir obtenu son doctorat de physique à l’Université de Stockholm dans l’équipe d’Erik Lindahl.

Ces projets étudient le virus de la grippe et plus particulièrement comment différentes mutations l’affectent. Ils utilisent le core SMP Gromacs A3 dans sa version 2.27 et ils sont distribués par le serveur 128.143.199.96. Les autres caractéristiques sont les suivantes :

  • Environ 77 200 atomes (plus ou moins 100 suivant les projets)
  • 585 points
  • Facteur de bonus : 3.23
  • Deadline préférable : 2.6 jours
  • Deadline finale : 4 jours

Ces projets sont accessibles en –advmethods pour les utilisateurs de Windows et de Linux.

Source : Forum Officiel

Nouveaux projets monocore Gromacs A4 : p10436 et p10437

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Kyle Beauchamps a lancé deux projets pour clients monocore et utilisant le core Gromacs A4 : p10436 et p10437.

Ces projets simulent la tête d’épingle de la protéine Villin dans le champ de force amber99sb-ildn à 300K (p10436) et à 278K (p10437) dans une solution contenant 3 moles de dénaturant GdmCl (chlorure de guanidinium) .

Ces projets testent le système de bonus appliqué aux clients monocore. Le projet 10436 est distribué par le serveur 171.64.65.80 et le projet 10437 par le serveur 171.64.65.81. Le reste de leurs caractéristiques est identique :

  • 576 atomes
  • 311 points
  • Facteur de bonus : 0.69
  • Deadline préférable : 8 jours
  • Deadline finale : 12 jours

Le projet 10436 est disponible pour tous, mais le 10437 est encore limité aux clients –advmethods.

Source : Forum Officiel

Nouveaux projets SMP Gromacs A3 : p11020 et p11021

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Dan Vanatta a mis en ligne deux nouveaux projets (p11020 et p11021) pour le core SMP Gromacs A3.

Ces projets étudient les changements de conformation lors d’un passage d’un état activé à un état inactivé de la protéine C de régulation de l’azote.

Ces projets sont distribués par le serveur 171.64.65.55 et ils disposent des caractéristiques suivantes :

  • 25 192 atomes
  • 310 points
  • Facteur de bonus : 0.75
  • Deadline préférable : 8 jours
  • Deadline finale : 12 jours

Ces projets sont actuellement en –advmethods et ne sont distribués qu’aux machines sous Windows. L’extension aux utilisateurs de Linux devrait avoir lieu prochainement.

Source : Forum Officiel

Mise à jour le 29/03 à 22H10 :
Le projet 11020 vient de quitter le mode -advmethods et est mainteant distribués à tous les plieurs.

Le core SMP Gromacs A3 passe en version 2.27

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Kyle Beauchamps a déployé la version 2.27 du core Gromacs A3 utilisé par les clients SMP.

Cette version incluse une mise à jour vers la dernière version de Gromacs, la 4.5.3. Celle-ci permettra de nouvelles approches scientifiques pour les simulations.

Si un projet nécessite ce client, la mise à jour sera automatique.

Source : Forum Officiel

Core A5 - Le Saint Graal des Linuxiens ! BigAdv est de retour sous Linux !

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Core A5 - Le Saint Graal des Linuxiens ! BigAdv est de retour sous Linux !
C'est donc maintenant officiel, Linux est de retour en grâce dans la catégorie la plus extrême du pliage : BigAdv !

Depuis de longs mois, le pliage de BigAdv avait été stoppé sous Linux car il avait été découvert un bug assez curieux du core A3 qui entraînait la corruption des calculs.

Le core A5 est maintenant là est il rétabli l'égalité entre Windows et Linux ...
Mieux Linux semble s'accommoder de ce core tellement bien que des gains de performances ont été constatés par rapport à Windows.

Pour l'utiliser :
Il est nécessaire d'avoir le Client 6.34 ainsi que tout les prérequis habituels du BigAdv ... (une passkey, le flag -bigadv, 8 cores ou plus, ...)

Attention, mettez vos client à jour si vous voulez continuer à recevoir des BigAdv : la migration vers A5 est imminente, et si vous disposez d’un ancien client, vous ne recevrez plus que des unités SMP classiques.

Pour comparer vos performances le forum officiel a mis en place une page : ICI

Publication #78 : le rôle de l’eau dans la fusion membranaire

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Les équipes de recherche du projet Folding@Home viennent de publier de nouveaux résultats dans le Journal de la Société américaine de Chimie (Journal of the American Chemical Society, JACS). Cet article, intitulé « L’ordre des molécules d’eau à l’interface membranaire contrôle la dynamique de la fusion », est le résultat d’une collaboration entre Peter Kasson (Univesité de Virginie), Erik Lindahl (Université de Stockholm et Institut Royal de Technologie) et Vijay Pande (Université de Stanford).


L’ordre des molécules d’eau à l’interface membranaire contrôle la dynamique de la fusion


En se basant sur les précédentes simulations de la fusion membranaire, l’équipe a utilisé la puissance de Folding@Home pour analyser systématiquement la réaction de fusion entre deux cellules ainsi que la nature moléculaire de l’eau dans cette réaction. Pour pouvoir réaliser ce type de simulations informatiques, de nombreuses approches négligent la structure détaillée de l’eau pour les grandes simulations de fusion membranaire. Dans le cas ce cette étude, les chercheurs ont montré que cette structure affectait à la fois la thermodynamique et la dynamique de la réaction de fusion. Ces résultats ont des implications importantes sur la façon de simuler ces réactions de fusion membranaire entre cellules et ils ont permit de donner un nouvel exemple de structure de l’eau entre deux interfaces hydrophiles flexibles. Cette structure de l’eau pourrait être importante dans de nombreuses interactions cellulaires.

Pour la petite histoire, cette publication a été rendue possible principalement grâce au travail accompli par les plieurs sur les projets BigAdv de la série 268x.

Source : Water Ordering at Membrane Interfaces Controls Fusion Dynamics *

* L’accès à l’article complet est payant, mais vous pouvez vous renseigner auprès de votre université pour savoir si elle dispose d’un compte d’accès pour ses étudiants et/ou personnels.

Clients SMP 6.34 disponibles au téléchargement

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Le client SMP est désormais disponible au téléchargement en version 6.34 sur la page des clients hautes performances, pour Windows et Linux.

Il est fournit sous la forme d’un exécutable de remplacement à déposer dans le dossier d’un client déjà installé. Par sécurité, il est recommandé de faire cette mise à jour entre deux unités.

La principale nouveauté de ce client est l’ajout du support du core A5 qui devrait faire son apparition dans un futur proche.

Ce core sera utilisé exclusivement par les projets BigAdv. Il reste identique au core A3, mais est construit à partir d'une branche de code spécifique destiné aux projets BigAdv pour améliorer leur compatibilité et leur stabilité.

Source : Blog de Vijay

Mise à jour le 25/02 à 11H30 :
Le projet 6901 vient de faire son apparition. Celui-ci est identique au projet 6900, la seule différence étant l'utilisation du nouveau core A5.

Le core Gromacs 4 passe en version 2.27

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Kyle Beauchamps vient de mettre à disposition une nouvelle version du core Gromacs 4, aussi connu sous l’abréviation A4. Cette mise à jour intègre la version 4.5.3 de Gromacs et devrait permettre aux chercheurs d’utiliser plus de méthodes d’analyse.

Ces cores sont disponibles pour Windows (32 bits) et Linux (32 et 64 bits).

Aucun projet actuel n’exploite encore cette nouvelle version. Vous pouvez forcer la mise à jour manuellement si vous le souhaitez en supprimant votre fichier FahCore_A4.exe (si possible entre deux unités).

La mise à jour sera automatique dès qu’un projet aura besoin d’une fonctionnalité de cette nouvelle version.

Source : Forum Officiel.