Repliement des protéines et infection virale

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La compréhension du repliement des protéines a de nombreux champs d'application en biologie et biomédecine. Par exemple, prenez l'un des champs de recherche principal du Laboratoire du Docteur Peter Kasson à l'Université de Virginie : l'étude de l'infection des cellules par le virus de la grippe. Dans le passé, Docteur Kasson et Docteur Pande ont déjà étudié deux aspects de ce processus : la façon dont le virus de la grippe reconnaît les récepteurs de surface des cellules pour qu'il infecte les cellules du « bon » type et la façon dont les petites vésicules fusionnent.

Le groupe du Docteur Kasson s'intéresse maintenant à la fonction de la protéine virale qui contrôle l'entrée dans la cellule, une protéine appelée hémagglutinine. L'hémagglutinine interagit avec les membranes des cellules : une partie s'insère dans la membrane, se replie, et altère la membrane d'une manière encore inconnue pour favoriser l'entrée du virus dans la cellule. Une autre partie relie les membranes du virus et de la cellule et se replie pour les rassembler. Des simulations sont en cours sur Folding@Home pour étudier ces deux parties de l'hémagglutinine. Le laboratoire du Docteur Kasson conduit également des expériences autour de ces processus.


Une protéine d'hémagglutinine


Ces deux problèmes impliquent le repliement d'une protéine. Ceci étend le problème de la compréhension du repliement au delà du modèle « canonique » d'une protéine non structurée prenant sa forme finale dans l'eau, dans le premier cas il s'agit d'une petite protéine s'insérant dans la membrane graisseuse et changeant de forme en réponse à son environnement, et dans le second cas il s'agit d'une gosse protéine changeant de forme en réponse à des signaux physiologiques.

De prochaines news parleront des méthodes que l'équipe du Docteur Kasson a développé pour aider toutes ces études ainsi que d'autre problèmes importants sur lesquels ils travaillent. Ils contribuent également à l'élaboration de méthodes qui devraient contribuer à améliorer l'efficacité des simulations et de l'analyse des résultats. La communauté des plieurs a grandement contribué à la puissance de calcul impliquée dans ces études (comme vous pouvez le voir sur la page des résultats du projet) et les chercheurs l'en remercient.

Source : Blog de Vijay