Rosetta@Home et Folding@Home : des projets complémentaires

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Voici une news qui devrait réconcilier les utilisateurs de BOINC et de Folding@Home. Certains l’attendent depuis longtemps, mais il ne s’agit pas de l’intégration de Folding sous BOINC … il s’agit simplement de la complémentarité des travaux réalisés sur ces deux plateformes.

Le projet qui nous intéresse est Rosetta@Home, projet du laboratoire de David Baker de l’université de Washington. Le but du projet est de prédire la structure tri-dimensionnelle des protéines étudiées. L’approche est de tester, par l’étude de l’énergie des structures moléculaires, la stabilité des conformations, dans le but de déterminer celle qui a le plus de chances d’être la plus stable.

TJ Lane, du Pande Group, nous apprend que les travaux de prédiction de structure réalisés par Rosetta servent de base à son étude. En effet, Rosetta donne une structure probable … mais qui n’est pas forcément viable. TJ utilise donc ces structures comme base, et les injecte dans Gromacs afin de vérifier si ces structures peuvent se replier en une structure réellement utile. De plus, si les simulations de Rosetta sont structurelles, celles réalisées sous Folding@Home permettent d’obtenir des détails plus précis, au niveau atomique et en intégrant les informations qui permettent d’évoluer d’une structure à l’autre.

Rosetta@Home sert donc de point de départ aux simulations de TJ Lane, afin de ne focaliser les études détaillées que sur les structures présentant le plus d'intérêt.

Les projets actuellement concernés sont ceux de la série des p7600.

Source : Forum Folding