Nouveau projet OpenMM Fermi : p6806 et nouveau projet Gromacs 3 : p6881

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Yu-Shan Lin, actuellement très active, mets en ligne deux nouveaux projets.

p6806
Ce projet se destine aux client GPU3 et aux GPU de la génération Fermi. Cette étude fait partie de la deuxième phase d’études du peptide Abeta amyloïde qui va servir à déterminer les modèles de Markov pour ce peptide.

Ce projet sert aussi à évaluer les performances des nouveaux serveurs ainsi que d’une nouvelle version (2.15) sur core 15 Fermi. Les unités sont distribuées par le serveur 171.64.65.64 et rapportent 1348 points. La simulation comporte 634 atomes et les unités doivent être retournée en moins de 5 jours de préférence, et au plus tard en moins de 13 jours.

Attention : à partir de maintenant, le benchmark des unités GPU3 Fermi change. La GTX480 qui servait jusqu’à maintenant de référence est remplacée par une GTX460, afin de mieux coller à la répartition du parc chez les plieurs. L’ancienne référence, 12 889 PPD sur la GTX480, est remplacée par 9 787 PPD sur la GTX460. Cette valeur a été choisie en utilisant un projet simulant la protéine Villin (p10632, 611 points), celle-ci étant considérée comme une simulation de taille moyenne avec ses 582 atomes.

p6881
Ce projet utilisant le core Gromacs 3 fait également partie de la même série d’études, mais elle s’intéresse de son côté à une version mutante du peptide Abeta amyloïde simulée dans l’eau.

Les unités sont distribuées par le serveur 171.67.108.33 et elles comportent 12 233 atomes. Elles rapportent 69 points et doivent être retournées en moins de 14 jours de préférence et au plus tard en moins de 21 jours.

Sources : p6806 / p6881