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BigAdv passe à 16 cores minimum le 16 janvier 2012 !

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Petit coup de tonnerre dans le monde des plieurs acharnés, à compter du 16 janvier 2012 les projets BigAdv nécessiteront au minimum 16 cores (comprendre 16 cores physiques ou une machine disposant de 8 cores et de la technologie HyperThreading).

Stanford est parfaitement conscient que cette décision va entraîner beaucoup de frustration et de déception, les projets BigAdv étant rétribués par un très copieux bonus par rapport aux projets SMP normaux. Mais cette décision a été prise pour recentrer BigAdv sur ses objectifs initiaux : fournir un groupe de machines à la puissance largement supérieure à la moyenne des machines grand public pour travailler sur un nombre limité de très gros projets en rendant les résultats très rapidement.
Depuis le lancement de BigAdv, 8 cores sont devenus très simple à avoir grâce à la série de processeur i7 d'Intel fournissant 4 cores physiques et donc 8 avec l'HyperThreading. L'engouement massif pour ces projets a créé des pénuries, forçant les chercheurs à ouvrir plus de projets en parallèle.


Le 16 janvier donc, le flag "-bigadv" sur les machines "-SMP 8" et "-SMP 12" n'aura plus aucun effet.

Source : Le blog officiel de Vijay Pande (en anglais)

Troisième version bêta publique pour le client v7 : v7.1.33

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Changelog depuis la deuxième version publique :

Note : les numéros en fin de ligne correspondent aux numéros de ticket que vous pouvez consulter à cette adresse.

v7.1.25:
  • Hide 'Quit on window close' option in OSX.
  • Fixed some problems with WU assign time and time offset calculations.
  • Detect and ignore invalid assign time from older WS.
  • Log computed WS time offset.
  • Removed warning from Slot configuration about changing threads mid-run.
  • Catch and log error accessing battery info in /sys on Linux
  • Fix grayed out name and IP in client add after viewing local client. #640.
  • Remove 'RS480 PCI-X Root Port' from GPU whitelist. #635
  • Added a few new Radeon HD 6xxx cards.
  • Added Nvidia GTX 590 device ID 0x1088 to whitelist.
  • Increase Radeon HD 5xxxx and 6xxxx GPU type level by one. #653.
  • Don't fail WS connections if all data was recieved even on net error.
  • Print IP Address with 'Uploading' message.
  • Fixes for OSX minimize and quit bugs. #649 & #659.
  • Limit max CPUs per slot to system count. #652.
  • Attempt to fix #654.
  • Release system resources when querying OSX battery status. #650.
  • Don't send 'auth' command from FAHControl if empty. #658.
  • Fixed 'slot-add' NULL pointer exception. #666.
  • Fixed 'log-updates start' error. #671.
  • Fixed FAHClient script parsing bug. #676.
  • Show 'Remote Access' tab in advanced mode. #648.
  • Don't allow minimizing to sys-tray if it is not there. #670.
  • Also print core return code numbers in hex. #677.
  • Print times in ISO 8601 format. #664.
  • Expire WUs in sending status.


v7.1.26:
  • Correctly report client version to WS with WU return.
  • Failed upload attempt could cause WU to dump before it was expired. #679.
  • Added AMD Radeon HD 6600 Series to GPU white-list.
  • Fix failure to restart FAHControl in OSX when 'start minimized'. #649.
  • Fixed a socket bug that could cause the loss of the end of a message.
  • Build OSX client in 32-bit mode with Intel compiler.
  • Reduced socket send buffer size to 32KiB to try to solve #682.
  • Attempt to fix PCI detect crash in Windows. #695.
  • Whitelisted more GPUs.


v7.1.27:
  • Check shared info modification time in an attempt to fix #688.
  • More GPU whitelisting.
  • Fixed Windows PCI/GPU detection, broke in v7.1.26. #701.
  • Use WS UTC WU assign time in client wo/ computing offset #697, #681.
  • If running WU is dumped shutdown the core. #700.


v7.1.28:
  • Hopefully finally fixed the OSX on battery detection code.
  • More GPU whitelist changes.


v7.1.29:
  • Print UNSUPPORTED in front of unsupported GPUs in info.
  • Removed unsupported gpu-vendor-id and gpu-device-id options.
  • Allow auto-configuring both GPU and SMP. #629
  • Configure GPU & SMP by default in Windows.
  • Repaired OS description printing in info.
  • Use OS bits to determine 32 vs 64 rather than build bits. #703
  • Enabled GPU detection in OSX.
  • Removed 'gpu-id' and added 'cuda-index' and 'opencl-index' options.
  • GTX465 -> Fermi. #661
  • Automatically install themes in Windows installer.


v7.1.30:
  • Attempt to fix OSX PCI scan crash.


v7.1.31:
  • Another attempt to fix OSX PCI scan crash.


v7.1.32:
  • Added 'gpu-usage' option with default of 80%.
  • Added percent GPU usage slider in FAHControl.
  • Added 'opencl-index' and 'cuda-index' options to FAHControl.
  • 'gpu-id' -> 'gpu-index' in FAHControl.


v7.1.33:
  • Set default 'gpu-usage' to 100%, until GPU cores implement better throttle.
  • Fixed client connection rate limiting.
  • Fixed error reporting for bad slot configuration. #582.
  • Attempt to fix EUE reporting for WSv4. #615.
  • Fixed "Wrong architecture" bug on 32-bit Ubunut. #599.
  • Dropped "64-bit" Windows release. Use 32-bit on all systems.

Réduction de la deadline préférable des projets 6903 et 6904

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De nombreuses voix se sont élevées sur le forum officiel contre les deadlines préférables des projets 6903 et 6904 qui étaient bien trop généreuses pour les machines disposant de 12 cores et plus.

Peter Kasson a donc réduit les deadlines préférables à 5 jours pour le projet 6903 et à 5.6 jours pour le 6904.

Les autres caractéristiques (deadline finale, bonus et points) restent inchangées.

Source : Forum Officiel

Rosetta@Home et Folding@Home : des projets complémentaires

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Voici une news qui devrait réconcilier les utilisateurs de BOINC et de Folding@Home. Certains l’attendent depuis longtemps, mais il ne s’agit pas de l’intégration de Folding sous BOINC … il s’agit simplement de la complémentarité des travaux réalisés sur ces deux plateformes.

Le projet qui nous intéresse est Rosetta@Home, projet du laboratoire de David Baker de l’université de Washington. Le but du projet est de prédire la structure tri-dimensionnelle des protéines étudiées. L’approche est de tester, par l’étude de l’énergie des structures moléculaires, la stabilité des conformations, dans le but de déterminer celle qui a le plus de chances d’être la plus stable.

TJ Lane, du Pande Group, nous apprend que les travaux de prédiction de structure réalisés par Rosetta servent de base à son étude. En effet, Rosetta donne une structure probable … mais qui n’est pas forcément viable. TJ utilise donc ces structures comme base, et les injecte dans Gromacs afin de vérifier si ces structures peuvent se replier en une structure réellement utile. De plus, si les simulations de Rosetta sont structurelles, celles réalisées sous Folding@Home permettent d’obtenir des détails plus précis, au niveau atomique et en intégrant les informations qui permettent d’évoluer d’une structure à l’autre.

Rosetta@Home sert donc de point de départ aux simulations de TJ Lane, afin de ne focaliser les études détaillées que sur les structures présentant le plus d'intérêt.

Les projets actuellement concernés sont ceux de la série des p7600.

Source : Forum Folding

Modification du système de points pour les unités « BigAdv »

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Pour les nouvelles unités « BigAdv », le Pande Group a décidé de changer la méthode dont leurs points sont calculés pour les remettre au niveau des autres unités du projet Folding@Home.

L’élément essentiel du changement est la réduction des points associés aux unités « BigAdv », d’une valeur supérieure de 50% aux unités à SMP à une valeur seulement supérieure de 20%. Comme toujours avec ce type de changement de politique, le changement s’applique uniquement aux unités distribuées après, mais pas à celle qui sont en circulation. Vijay Pande insiste sur le fait que le projet « BigAdv » continue, mais comme précisé depuis sont lancement, il s’agit d’un programme expérimental qui est soumis à des ajustements.

Il est clair que tout changement dans le système de points est controversé, mais celui-ci a été demandé par de nombreux participants au projet. Après investigation, l’équipe s’est accordé sur le fait que les points des projets « BigAdv » étaient trop déséquilibrés et qu’une correction s’imposait. Plutôt que de laisser couver les critiques, un changement rapide a été décidé et appliqué.

Un autre changement planifié pour le système de points est d’inclure tous les clients (monocore et GPU) dans le système de bonus pour un retour rapide des unités (Quick Return Bonus – QRB). Ceci devrait contribuer à rééquilibrer les projets. Il y aura probablement des problèmes dans l’application du QRB aux projets GPU, Vijay préfère donc s’assurer de les minimiser au maximum avant d’appliquer ce changement aux projets GPU.

Enfin, Vijay souhaite rappeler que son équipe est à l’écoute des suggestions et des remarques des participants et qu’elle prend ces idées au sérieux. Il y a eu de longues discussions à propos des problèmes avec le système de points, les principales lacunes étant les PPD trop important atteignables par une machine « BigAdv » (pouvant atteindre 500 000 PPD) et le manque de système de bonus QRB pour les GPU.

Si on tient compte des opinions de chacun sur le système de bonus, ce ne sera pas une suprise de faire des contents et des mécontents. Des plus, lorsqu’il s’agit de points, il n’y aura probablement jamais de système qui satisfera tout le monde, mais le but des chercheurs est de tenter d’obtenir le meilleur équilibre pour le projet, en prenant en compte les idées de participants et en prenant des décisions difficiles lorsque cela est nécessaire. Ce fut une décision difficile à prendre, mais nous espérons que ceux qui sont contre ces modifications finiront par comprendre le ressenti des autres utilisateurs et respecteront leur point de vue.

Source : Change in the points system for bigadv work units

Nouveaux projets Gromacs A4 : p7800-7803

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Christian Schwan vient de lancer quatre nouveaux projets, p7800 à 7803.

Les projets 7800 et 7801 tente d’étudier toute différence entre le repliement d’une protéine tel qu’il a lieu naturellement dans les cellules et celui qui se produit dans les tubes à essai. Ils simulent in peptide dans le tunnel de sortie du ribosome pour explorer la façon dont le confinement et les autres interactions avec le tunnel affectent le processus de repliement. Chacun des projets étudient un peptide différend.

Les projets 7802 et 7803 étudient les même peptides, mais cette fois-ci sans le ribosome.

Les quatre projets utilisent le core Gromacs A4 et sont disponibles pour les clients SMP Linux et Windows v6.34 et supérieur ainsi que pour les client monocore v6 et supérieur sur les mêmes systèmes d’exploitation.

Les projets :
p7800
  • Points = 1622.91
  • Deadline préférable = 24.12 jours
  • Deadline finale = 52.25 jours
  • Facteur bonus = 0.58


p7801
  • Points = 1718.76
  • Deadline préférable = 25.54 jours
  • Deadline finale = 55.54 jours
  • Facteur bonus = 0.58


p7802
  • Points = 1183.12
  • Deadline préférable = 17.58 jours
  • Deadline finale = 38.09 jours
  • Facteur bonus = 0.58


p7803
  • Points = 1219.2
  • Deadline préférable = 18.12 jours
  • Deadline finale = 39.26 jours
  • Facteur bonus = 0.58


Ces projets sont distribués par le serveur 171.64.65.98.

Source: Forum officiel

Nouveaux projets Gromacs A4 : p7600, 7610 et 7611

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TJ Lane, un nouvel étudiant travaillant avec le Pange Group, a mis en ligne trois nouveaux projets utilisant le core Gromacs A4 : p7600, 7610 et 7611.

Le projet 7600 étudie le repliement d’une protéine de nouage appelée EETI. Cette protéine a été conçue pour se lier aux protéines d’intégrine qui se trouvent à la surface des cellules cancéreuses afin d’aider au diagnostic. La protéine EETI est en effet visible lors des scanners médicaux, une accumulation d’EETI indique donc la présence d’une tumeur sur le scanner. Ce projet vise à mieux comprendre comment cette protéine fonctionne pour aider à développer d’autres protéines similaires ciblant d’autre maladies.

Ce projet dispose des caractéristiques suivantes :

  • 12 377 atomes
  • 937 points
  • Deadline préférable de 13.92 jours
  • Deadline finale de 23.2 jours
  • Facteur bonus de 0.75

Ce projet est distribué aux clients classiques et aux clients SMP sous Windows et Linux par le serveur 171.64.65.101.

Les projets 7610 et 7611 étudient le domaine FIP35 WW en utilisant des trajectoire très longues décrites dans Shaw et al. (Science, 2010). Ces projets sont destinés à opposer les méthodes utilisée par Folding@Home avec des méthodes plus conventionnelles, récemment optimisées par DE Shaw Research.

Ces projets on les caractéristiques suivantes :

  • 13 564 atomes
  • 788 points
  • Deadline préférable de 11.71 jours
  • Deadline finale de 19.52 jours
  • Facteur bonus de 0.75

Ces projets sont distribués aux clients classiques et aux clients SMP sous Windows et Linux par le serveur 171.64.65.104.

Sources: p7600, p7610 et p7611

Nouveaux projets Gromacs A4 : p7000-7028

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Badi Abdul-Wahid a mis en ligne 29 nouveaux projets pour les clients classiques Windows utilisant le core Gromacs A4.

Les projets 7000 à 7028 étudient des modèles mutants du domaine WW à haute température dans des modèles de repliement étendus et raffinés.

Ces projets disposent des caractéristiques suivantes :

  • 542 à 596 atomes
  • 600 points
  • Deadline préférable de 8 jours
  • Deadline finale de 11 jours
  • Pas de bonus

Ces unités sont distribuées par le serveur 129.74.85.15.

Mise à jour du 04/07 à 23H30 :
Ces projets utilisent désormais le bonus, le facteur utilisé est 0.75.

Source: Forum officiel

Le core A6 fait son apparition avec trois nouveaux projets : p3865-3867

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Michael Shirts a mis en ligne une nouvelle série de projets, p3865-3867, utilisant un nouveau core qui prend la dénomination de core A6.

Ce core est basé sur le core A4 (Gromacs 4), mais dispose de code scientifique additionnel qui le rend les unités incompatibles avec celles utilisant le core A4. Le reste du code restant identique, ce core ne devrait pas poser de problèmes de stabilité. Le core est capable de fonctionner en SMP ou en mono core, mais le mode SMP ne devrait fonctionner qu'avec le client v7.

Les projets 3865-3867 étudient la façon dont la liaison d’environ 500 ligands s’établit avec la trypsine, une enzyme digestive du suc pancréatique qui a pour rôle de digérer les protéines. Elle est souvent utilisée comme étalon pour les méthodes de conception de nouveaux médicaments. Ces projets font justement partie d’un défi de conception de nouveaux médicaments où il est demandé aux scientifiques de prédire quelles molécules, parmi celles qui ont été fournie au départ, vont se lier à la protéine cible.


Structure cristallographique de la trypsine


Les projets sont distribués par le serveur 128.143.48.226 et ils disposent des caractéristiques suivantes :

  • 28 851 atomes
  • 333 points
  • Deadline préférable 7 jours
  • Deadline finale 12 jours
  • Facteur bonus 0.72


Ces projets sont actuellement distribués aux clients utilisant le flag -advmethods.

Source : Forum Officiel

Nouveaux projets pour GPU2 nVidia : p10122-10123

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Il semblerait que le client GPU2 nVidia ait encore une utilité scientifique, bien que la mode actuelle soit plutôt au GPU3 (et au client v7) … En effet, les possesseurs de cartes nVidia un peu anciennes (non Fermi) seront heureux de voir deux nouveaux projets apparaître, les 10122 et 10123, que Greg Bowman vient de mettre en ligne.

Ces deux nouveaux projets sont un prolongement de l’étude sur le repliement de l’ubiquitine. Ils utilisent le core 11 (GPU2 nVidia non Fermi). Chaque unité comporte 1 174 atomes et rapporte 494 points. Vous devrez les retourner de préférence en moins de 2 jours et au plus tard en moins de 3 jours. Ces projets sont distribués par le serveur 171.64.65.71.

Les performances sont légèrement en retrait, avec 5 269 PPD mesurés sur les 9800 GTX+ de notre test.

Source : Forum Officiel