Un autre projet GPU2 nVidia : p5799

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Vincent Voelz, décidément très actif en ce moment, a également lancé aujourd’hui le projet 5799 pour clients GPU2 nVidia.

Ce projet simule l’hélice C terminale de la protéine NTL9. Les chercheurs de Folding@Home ont déjà construit avec succès le modèle de Markov (MSM, Markov State Model) de la troncature mutante NTL9(1-39) (Journal of American Chemical Society 2010). Ce nouveau projet doit donc aider à construire le modèle MSM du fragment terminal C correspondant.

Le but final est de combiner l’ensemble des modèles MSM de ces fragments afin d’obtenir un modèle de l’ensemble de la protéine NTL9. Ces simulations permettent également d’étudier la nature hiérarchique du repliement.

Le projet 5799 est distribué par le serveur 171.67.108.21 et il contient 922 atomes. La simulation utilise un champ de force FF96 à la température de 370K. Chaque unité rapportera 375 points et elle devra être retournée de préférence en 15 jours et en moins de 25 jours.

Les premiers benchmarks* donnent pour ce projet :
  • 39s - 8307.69 PPD sur 9800 GTX+
  • 46s - 7043.48 PPD sur GT 240 (shaders @ 1700 MHz)

Les performances me semblent un peu généreuses pour ce type d’unité … profitez-en bien ;)

* : les benchmarks sont donnés à titre indicatif, sur les cartes à ma disposition ayant traité au moins une fois cette unité.

Source : Description du projet