Nouveaux projets « classiques » : p6319-6326

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Vincent Voelz vient de lancer une nouvelle série de projets pour client « classiques » : les projets 6319 à 6326.

Ces nouveaux projets simulent deux fragments de petits peptides qui se replient in vitro en structures bien définies : le peptide Fs (une hélice dans de l’eau) et le peptide terminal C de la protéine G (40% de l’épingle dans une solution).


Ces travaux sont basés sur ceux d’Eric Sorin (Biophysical Journal 2005), qui a effectué des simulations de validation du peptide Fs dans un modèle explicite (champ de force TIP3P) de l’eau. Ces nouveaux projets testent d’autres champs de force qui n’étaient pas disponibles lors de l’étude d’Eric, et nous effectuons des simulations similaires sur le peptide terminal C de la protéine G. Ces essais vont permettre de compléter un ensemble plus vaste de simulations à la fois en utilisant des modèles explicites et implicites, afin de trouver les paramètres de champ de force optimaux pour la simulation.

Ces projets sont distribués par le serveur 171.64.65.60 et disposent des caractéristiques suivantes :

peptide Fs
  • Projet 6319: (démarré à partir de l’hélice, champs de force : ff99sb) 106 points, deadline préférée 20 jours, deadline finale 30 jours
  • Projet 6320: (démarré à partir de la bobine, champs de force : ff99sb) 104 points, deadline préférée 20 jours, deadline finale 30 jours
  • Projet 6321: (démarré à partir de l’hélice, champs de force : ff03) 106 points, deadline préférée 20 jours, deadline finale 30 jours
  • Projet 6322: (démarré à partir de la bobine, champs de force : ff03) 104 points, deadline préférée 20 jours, deadline finale 30 jours


épingle proG
  • Projet 6323: (démarré à partir de l’état naturel, champs de force : ff99sb) 104 points, deadline préférée 20 days, deadline finale 30 days
  • Projet 6324: (démarré à partir de la bobine, champs de force : ff99sb) 104 points, deadline préférée 20 days, deadline finale 30 days
  • Projet 6325: (démarré à partir de l’état naturel, champs de force : ff03) 104 points, deadline préférée 20 days, deadline finale 30 days
  • Projet 6326: (démarré à partir de la bobine, champs de force : ff03) 104 points, deadline préférée 20 days, deadline finale 30 days


Ces unités prennent environ une journée sur la machine de benchmarks (pour rappel, un P4 à 2.8 GHz), vous devriez donc les plier bien plus rapidement.

Adapté de la description des projets.