Nouveaux projets GPU2 nVidia : 5781-5786

Par , le dans Projet Folding@Home - 1 Commentaire
Vincent Voelz, décidément très actif ces jours-ci, vient également de mettre en production une nouvelle série de projets pour client GPU2 nVidia : les 5781 à 5786.

Ces projets sont des simulations plusieurs protéines qui disposent de séquences d’acides aminés similaires. Curieusement, bien que ces séquences ne diffèrent que de quelques résidus, leur repliement est plutôt différend (voir l’article « NMR structures of two designed proteins with high sequence identity but different fold and function » pour plus de détails). Nous nous intéressons ici à la nature de ces dépendances des séquences dans le repliement des protéines et nous tentons de répondre aux questions suivantes : dans la nature, les perturbations sont-elles locales ou non ? De plus, les simulations actuelles utilisant des solvants implicites sont-elles suffisamment précises pour détecter cette dépendance des séquences ? Si c’est le cas, ce sera un point de départ intéressant pour le développement d’outils qui nous mèneront vers la conception informatique à la fois de la structure et de la dynamique des protéines.

Ces projets inaugurent le premier serveur GPU utilisant le code serveur v5, à l’adresse IP 171.67.108.21. Chaque projet dispose de 922 atomes, et peut donc être encore considéré comme des petites protéines. Les WUs devront être retournées de préférence en moins de 15 jours et au plus tard en 25 jours, même si la plupart des GPU nVidia actuels seront capables de les renvoyer en moins de 24H. Chaque unité rapporte 783 points.

En bonus, chaque projet contient un jeu de mot différend en rapport à notre bon vieux core GROMACS … en voici quelques exemples :

Citation:
Gromacs Runs One Microsecond At Cannonball Speeds


« Gromacs simule une microseconde comme un boulet de canon »

Citation:
GROwing Monsters And Cloning Shrimps


« Elevage de monstres et clonage de crevettes »

Citation:
Giving Russians Opium May Alter Current Situation


« Fournir de l’opium aux Russes pourrait empirer la situation actuelle »

Citation:
GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science


« Groupes de molécules organiques en action pour la science »

Citation:
Great Red Owns Many ACres of Sand


« Le grand Rouge possède plusieurs hectares de sable »

A vous d’associer chaque citation au bon projet ;) … n’hésitez pas à nous communiquer ceux que nous aurions ratés.

Voilà qui égaye un peu nos calculs … aurions-nous trouvé en Vincent Voelz un digne successeur de Dan Ensign ? :hehe