Nouveau projet en advmethods : 3770

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Nouveau projet en advmethods : 3770
Une fois n'est pas coutume, nous allons nous intéresser à un projet qui vient d'être lancé en -advmethods : le 3770.

Cette série de simulations a pour but de compléter les connaissances du "capuchon" de la protéine Villin (Villin headpiece).
Villin headpiece est une petite protéine de 36 résidus en hélice alpha qui a été étudiée en détails, car c'est une des plus petites protéines connues, et surtout l'une des plus rapides à se replier. Le temps de repliement moyen de cette protéine est de l'ordre de 10 microsecondes, et les simulations sous Folding@Home durent une centaine de microsecondes afin de recueillir un maximum d'informations sur le processus.
La protéine Villin permet de maintenir un maillage de fibres (à partir de la protéine d'actine) qui sert de squelette de la cellule.

Si vous souhaitez vous documenter sur cette protéine, un article complet est disponible sur Wikipedia. (en anglais)

Le projet 3770 est accessible avec le paramètre -advmethods. Il est géré par Greg Bowman et utilise le core Gromacs classique (FahCore_78). Chaque WU rapporte 186 points et doit être retournée sous 53 jours.