Le core Protomol dévoilé en Advmethods

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Le core Protomol pour clients classiques vient d’entrer en phase de test public pour les utilisateurs du flag –advmethods. Il est accompagné de deux nouveaux projets : 10000 et 10001.

Ce nouveau core implémente la méthode NML (Normal Mode Langevin) qui accélère la simulation de la dynamique à long terme des protéines, accélération qui peut atteindre un facteur cent par rapport aux méthodes de dynamique moléculaire classiques. Cette méthode recherche les directives basses fréquences en utilisant une analyse en mode normal * puis projette le mouvement de la molécule en utilisant ces directives, tout en réglant le mouvement quasi-instantané. Si vous souhaitez en apprendre plus sur cette méthode, je vous invite à lire la pré-publication suivante : Multiscale Dynamics of Macromolecules Using Normal Mode Langevin.

Basé sur Protomol 3.1, ce core et ces projets ont pour buts :

  • Valider la méthode NML en simulant le repliement et la dynamique du domaine Fip35 WW
  • Comprendre le rôle des mutations sur le repliement.
  • Comprendre l’activation du src Kinase, une enzyme impliquée dans l’apparition de certaines formes de cancers.

Techniquement, ce core est capable d’exploiter la plupart des optimisations CPU modernes (SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1 et SSE4.2), cependant, il subsiste encore quelques soucis de compatibilité sur les processeurs AMD, le core n’utilisant que les optimisations SSE2 sur ces processeurs. Si vous possédez un processeur ne disposant pas de ces optimisations (Pentium 3, Athlon XP, … ), merci de rapporter le comportement et les performances du core sur votre machine.

Pour plus d’informations sur Protomol, vous pouvez visiter le site officiel de Protomol.

Ces nouveaux projets sont distribués par un nouveau serveur (129.74.85.48) situé à l’Université de Notre Dame (Indiana) et disposent des caractéristiques suivantes :

  • p10000 : 544 atomes, 84.48 points, deadline préférable 3.07 jours, deadline finale 23.04 jours. Ce projet utilise les méthodes de simulation classiques.
  • p10001 : 544 atomes, 50.56 points, deadline préférable 1.84 jours, deadline finale 13.79 jours. Ce projet utilise la méthode de simulation NML.


Mise à jour du 22/12 à 23H15 :
Le comportement du projet 10001 est différend de ce que l'ont peut trouver actuellement : il arrive que la simulation entre dans un état non simulable, mais qui ne constitue pas une erreur de repliement. Cette situation provoque habituellement, avec les autres cores de calcul, une Early_Unit_End ou une Unstable_Machine. Avec le core Protomol, ces états sont attendus et ne génèrement pas d'erreur. Ils se manifestent par une unité déclarée finie (Finished unit, core status = 64) avant 100%. Ne vous étonnez pas si ce genre de phénomène se produit sur votre machine, il est parfaitement normal et attendu.

Bon pliage à tous !


* Dans un système oscillatoire, un mode normal est une des fréquences auxquelles un système excitable (micro ou macroscopique) peut osciller après avoir été perturbé ; c'est une des fréquences naturelles de vibration. © Wikipedia. Pour plus d’informations, visitez la page anglaise « Normal Mode ».