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Nouveau projet en advmethods : 3770

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Nouveau projet en advmethods : 3770
Une fois n'est pas coutume, nous allons nous intéresser à un projet qui vient d'être lancé en -advmethods : le 3770.

Cette série de simulations a pour but de compléter les connaissances du "capuchon" de la protéine Villin (Villin headpiece).
Villin headpiece est une petite protéine de 36 résidus en hélice alpha qui a été étudiée en détails, car c'est une des plus petites protéines connues, et surtout l'une des plus rapides à se replier. Le temps de repliement moyen de cette protéine est de l'ordre de 10 microsecondes, et les simulations sous Folding@Home durent une centaine de microsecondes afin de recueillir un maximum d'informations sur le processus.
La protéine Villin permet de maintenir un maillage de fibres (à partir de la protéine d'actine) qui sert de squelette de la cellule.

Si vous souhaitez vous documenter sur cette protéine, un article complet est disponible sur Wikipedia. (en anglais)

Le projet 3770 est accessible avec le paramètre -advmethods. Il est géré par Greg Bowman et utilise le core Gromacs classique (FahCore_78). Chaque WU rapporte 186 points et doit être retournée sous 53 jours.

Mise à jour du client Windows SMP

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Comme vous le savez, certains clients Folding@Home ont encore le statut de bêta publique. Ces clients ont donc une date d’expiration à partir de laquelle il sera impossible de les relancer (mais ils continueront à fonctionner si vous ne les arrêtez pas).

Le client Windows SMP 6.23 actuel expirera le 4 juillet 2009. Il est donc temps de mettre à jour dès maintenant pour pouvoir continuer à plier après cette date. Le fichier exécutable de remplacement est disponible ici (version 6.24R3) (checksum MD5 : 5c14c566e11b69273477d7ca102c40c4 ). Ce fichier fonctionnera avec les deux versions du client SMP (MPICH, option –smp et DeinoMPI, options –smp –deino). Pour mettre à jour, il suffit de remplacer le fichier exécutable de votre client par cette nouvelle version. Les versions avec installeurs devrait suivre sous peu.

Ce nouveau client expirera désormais le 4 juillet 2010, bien qu’il ne sera probablement plus utilisé bien avant : de nouveaux cores SMP qui nécessiteront un nouveau client sont en préparation. Il faut également noter que la sortie de ces nouveaux cores devrait signer l'arrêt de mort du core SMP A1.

Vijay Pande fait de l'humour

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Twitter, inutile et donc indispensable, est un site communautaire où un membre diffuse des mini-messages à ses "followers" pour raconter des banalités, ou parfois des choses plus intéressantes.
Vijay Pande, le responsable du projet Folding@Home qui hier parlait dans son blog de son compte Twitter vient, il y a quelques instants, de diffuser une petite bande dessinée humoristique à propos de FAH.

Pour recevoir les notifications Twitter de Vijay, c'est ici.

En coulisses : comment se passe le développement et la maintenance de FAH ?

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Une des questions que les plieurs peuvent se poser est : comment se passe le développement des clients, des serveurs et des cores, et la maintenance du projet. Beaucoup se posent aussi des questions sur l’avancement du développement des différends projets et de leurs cores associés. Cette news a pour but d’apporter quelques réponses et de faire le point sur les différends développements.

Cette news étant longue, cliquez sur « Lire la suite » pour y accéder.

Déploiement du logiciel serveur v5 sur les serveurs GPU.

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Vijay Pande a annoncé aujourd'hui le déploiement de la version 5 du logiciel serveur sur les serveurs de WUs GPU. Cette mise à jour devrait être réalisée progressivement cette semaine. Ne vous étonnez pas si vos clients ont du mal à joindre un des serveurs GPU durant cette période.

Petit rappel : la v5 est une réécriture complète du logiciel coté serveur par un programmeur professionnel, ce qui devrait apporter une plus grande stabilité des serveurs de travail (Work Server), ainsi qu'une meilleure tolérance à la montée en charge. Ceci devrait également décharger les Collection Servers (chargés de récupérer les WUs qui n'ont pas pu être retournées au serveur de travail d'origine), qui sont actuellement saturés, ce qui les empêche souvent de remplir leur rôle.