Des nouvelles des cores et des clients FAH en développement

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1) SMP2 : Gromacs et Desmond.

De nombreux efforts sont concentrés dans le projet « SMP2 », nom de code de la seconde génération de client SMP. Le but principal est ici de rendre le client bien plus simple à utiliser. Pour arriver à cet objectif, il fallait se débarrasser de MPI. Deux pistes ont été suivies ici, les deux remplacent l’utilisation de MPI (et des processus) par des threads. La première approche a été de changer de logiciel de base pour le core. Ceci a donné le core "Desmond", basé sur un logiciel de DE Shaw Research. La seconde approche a été de signaler les problèmes liés à MPI à l’équipe de développement de Gromacs et de travailler avec eux pour obtenir une version de Gromacs basée sur les threads. Ces deux approches sont en bonne voie et les deux sont actuellement en test internes. Vous devriez voir ces cores en action sur FAH dans un mois ou deux, en espérant que tous les tests se passent bien.

2) Nouvelle méthode “Normal Mode Langevin Dynamics” (NML) dans le core Protomol.

L’équipe travaille actuellement à une nouvelle approche pour accélérer grandement les simulations, basée sur une nouvelle technique appelée « Normal Mode Langevin (NML) dynamics ». Cette méthode utilise les mêmes modèles que le design moléculaire (MD) classique (même champs de force, … ) et devrait avoir la même précision, mais avec une amélioration significative du temps nécessaire à la simulation grâce à des avancées algorithmiques. La méthode NML est complémentaire des autres méthodes actuelles, et l’équipe espère pouvoir s’en servir un peu partout (en particulier dans le core GPU). Pour commencer, elle sera testée dans un nouveau core basé sur le logiciel Protomol. Protomol est conçu pour pour un prototypage rapide des simulations moléculaires, ce qui est parfait pour la méthode NML.

3) GPU3 : prochain core GPU basé sur OpenMM.

L’équipe de recherche a réalisé de grandes avancées dans le domaine de la simulation sur GPU, dont les principales avancées ont été ajoutées à OpenMM, la librairie libre de Stanford pour la simulation moléculaire. OpenMM a démarré avec le code GPU2 actuel pour base et a mûrit depuis. L’équipe a donc entièrement réécrit le core GPU pour utiliser OpenMM qui est aussi en cours de test. Ce core est conçu pour être entièrement compatible avec les cores GPU2 actuels tout en rendant les simulations plus stables tout en ajoutant de nouvelles fonctionnalités scientifiques. Un élément important pour la prochaine étape du développement d’OpenMM est le support d’OpenCL qui devrait permettre une utilisation plus efficace des GPU ATI, et plus encore.

Vijay est fier de ces nouvelles avancées. Elles devraient améliorer le coté scientifique des logiciels utilisés pour FAH tout en rendant l’utilisation des client expérimentaux plus simple pour les utilisateurs (sur GPU et SMP par exemple).

Traduit à partir de : Update on new FAH cores and clients