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Au secours, mon slot CPU ne plie plus !

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Au secours, mon slot CPU ne plie plus !
Depuis quelques jours votre slot CPU a peut être cessé de plier avec les messages suivants dans le log :

Citation:
Connecting to 171.67.108.45:8080
Failed to get assignment from '171.67.108.45:8080': Empty work server assignment
Connecting to 171.64.65.35:80
Failed to get assignment from '171.64.65.35:80': Empty work server assignment
Exception: Could not get an assignment

Depuis toujours, dans son fonctionnement par défaut, le client configure automatiquement le slot CPU pour utiliser moins de threads de votre CPU que le total disponible :

  • si vous avez un slot GPU, le client réserve 1 thread pour l'alimenter
  • si vous utilisez des réglages peu agressifs (Folding Power réglé sur Light ou Medium), le client n'utilisera pas tous les threads

Ce comportement provoque généralement l'utilisation d'un nombre impair de threads (si vous avez un CPU avec 8 threads, le client tentera d'en utiliser que 7 au maximum) ce qui provoque des problèmes de compatibilité avec de nombreux systèmes simulés lorsque ce nombre impair est un nombre premier. Cette limitation provient des algorithmes utilisé par Gromacs (le code de calcul scientifique) pour décomposer le système en morceaux exécutées par chacun des threads. Pour déterminer les combinaisons supportées, les chercheurs se basaient sur le retour des testeurs pour chacun des projets et réglaient les serveurs d'assignation en fonction des résultats. Généralement, Gromacs fonctionnait bien de 1 à 8 threads, puis pour toute combinaison n'ayant pas un nombre premier supérieur à 7 dans la décomposition (c'est à dire que les nombres premiers exclus commençaient à partir de 11).

Dernièrement, le projet Folding@Home suit les recommandations officielles de Gromacs, qui excluent les nombres premiers supérieur ou égaux à 7 des décompositions.

Si vous vous trouvez dans cette situation, la solution est simple. Il suffit de changer le comportement automatique du client (réglage -1) par un réglage forcé (6 threads au lieu de 7 si vous disposez d'un CPU 8 threads par exemple) avec la méthode suivante :
Sous FAHControl, cliquez sur Configure.
Dans l'onglet Slots, sélectionnez le slot CPU et cliquez sur Edit.
Près du haut de la fenêtre, changez le nombre de CPUs.
Cliquez sur OK puis sur Save.

Si vous avez besoin de conseils pour configurer votre client, n'hésitez pas à passer sur notre forum.

Rappel à propos des cores vieillissants (Core 11, Core 78)

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Un aspect dominant dans le projet Folding@Home est la course continue aux nouvelles approches scientifiques. Ceci se manifeste avec l’apparition de nouveaux cores de calcul. Par exemple, le nouveau core GPU (Core 17 dont nous vous reparlerons prochainement dans une news) a apporté des améliorations énormes en terme de performances (surtout sur GPU AMD) et a nécessité une réécriture complète du code.

Une conséquence négative de cette fuite en avant des améliorations et des progrès scientifiques est que ces cores sont souvent limités aux matériels les plus évolués et récents. Cependant, afin d’utiliser le maximum de puissance que possible dans ce qui est disponible pour le projet, les scientifiques ont tendance à poursuivre les projets avec d’anciens cores, mais parfois, les calculs scientifiques qu’ils peuvent effectuer deviennent limitant et ils doivent être mis à la retraite.

C’est le destin potentiel de tous les cores, mais c’est une fin certainement proche pour les vieillissants core 11 (GPU nVidia pre-Fermi) et core 78 (Gromacs monocore de première génération). Bien que nous n’avons pas de dates de fin spécifiques pour ces deux cores, il est de notre devoir de rappeler aux plieurs qu’ils atteignent leur fin de vie et que lorsqu’ils seront retirés, certains anciens matériels ne seront plus supportés par FAH (dans ce cas, les CPUs qui ne supportent pas le SSE2 et les GPUs nVidia pre-Fermi).

Le point à retenir est que les chercheurs font leur possible pour retarder ces retraits le plus possible, mais ce message est là pour prévenir les plieurs afin qu’ils puissent se préparer à la suite des évènements. Vijay Pande donne une estimation à prendre avec des pincettes : probablement d’ici un an, peut être deux si les projets actuels on besoin de données complémentaires.

Comme toujours, nous préviendrons les plieurs dès que nous aurons plus d’informations et que nous pourront donner des dates plus précises.

Source : Le Blog de Vijay

Maintenance en cours sur les serveurs Folding@Home !

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Comme indiqué sur son compte twitter :

Un certain nombre de serveurs clefs (les AS) sont en maintenance pour quelques heures. Pas de panique, ça va revenir très vite !

Source : Le Blog Officiel !

EDIT : 27/08/2013 13h

La maintenance a été plus longue que prévue, après avoir relancé les serveurs c'est le réseau qui semble avoir rencontré des soucis. Vers 4h du matin tout a été réactivé ou presque, et progressivement tout rentre dans l'ordre. Vijay Pande l'a d'ailleurs officiellement annoncé sur son compte twitter après 2 autres messages intermédiaires:


A noter que certains types de WU sont encore indisponible à l'heure de la rédaction de cette mise à jour, toTOW a remonté des difficultés pour avoir des WUs d'anciens GPU nVidia (archi pré-fermi).

Source : Le Blog Officiel !

EDIT : 27/08/2013 22h

Comme nous l'avions remarqué, le serveur VSP07, responsable des WUs pour le core 11, est toujours en panne. Les administrateurs système de l'université sont actuellement à la tache pour le remettre en état de marche.


Source : Le Blog Officiel !

FAHcon 2012 : Professeur Peter Kasson

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Au cours de la Conférence Folding@Home 2012, le Professeur Peter Kasson de l’Université de Virginie a présenté son travail sur le virus de la grippe et a expliqué pourquoi ce virus attirait autant l’attention.

Premièrement, le virus de la grippe tue environ 40 000 personnes aux USA chaque année, et bien plus dans le monde (environ 1 000 en France). Ces victimes sont souvent des enfants de moins de deux ans ou des adultes de plus de 60 ans. C’est forcément un sujet qui nous touche tous, car nous espérons tous avoir des enfants en bonne santé, et vivre au-delà de 60 ans … Deuxièmement, la grippe s’est déjà révélée capable de provoquer de graves épidémies, comme en 1918. Un virus similaire pourrait aujourd’hui tuer plus de 60 millions de personnes et nous aimerions donc être préparés à une telle éventualité. Enfin, le virus de la grippe est un modèle intéressant pour la compréhension des autres virus comme celui du VIH ou ceux provoquant des cancers comme le HPV (papillomavirus humain), le virus de l’hépatite C ou encore celui d’Epstein-Barr. Cela peut vous surprendre, mais beaucoup de cancers sont associés à un virus et ceci a donc une grande importance pour la prévention.

Nous avons beaucoup travaillé sur la façon dont le virus de la grippe entre dans les cellules pour pouvoir se répliquer. C’est une cible thérapeutique importante et il est donc critique de comprendre pourquoi des virus tels que le H5N1 (« grippe aviaire ») n’ont pas été capable de se transmettre efficacement entre humains. Une partie du travail récent sur le sujet s’intéresse au repliement d’une protéine dans la membrane qui est nécessaire à l’entrée du virus. L’équipe du Professeur Kasson a obtenu des résultats intéressant, et nous publierons une news lorsque ceux ci seront publiés.

Le chercheur a également présenté un nouvel ensemble logiciel qui semble prometteur : Copernicus. Les groupes des Professeurs Peter Kasson, Eric Lindhal et Vijay Pande avaient publié un premier article en 2011 sur le sujet et ont poursuivi le développement. Copernicus permet de rendre le contrôle du back-end des simulations à grande échelle plus transparent, de façon à ce que les chercheurs de Folding@Home puissent facilement intégrer de nouvelles méthodes de simulation. Ce logiciel fonctionne également sur les superordinateurs et sur les plateformes de cloud computing afin de compléter si nécessaire les simulations réalisées sur la plateforme Folding@Home. Ceci permet également aux autres chercheurs ne participant pas au projet d’avoir accès au type de simulations que nous réalisons sur FAH. Tous ces changements sont situés coté serveurs, les plieurs que nous sommes ne devraient donc pas voir de différence dans le comportement du client. Grâce à Copernicus, nous verrons par contre apparaître de nouveaux domaines de recherche.

Source : Blog de Vijay

FAHcon 2012 : Dr Greg Bowman

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Le Docteur Greg Bowman de l’Université de Berkeley a présenté un projet à la conférence Folding@Home (FAHcon) qui a mis l’accent sur de nouvelles applications thérapeutiques des protéines. Il est connu que la protéine d’interleukine 2 (IL-2) peut aider à stimuler une réponse immunitaire, donc en théorie, cette protéine pourrait s’avérer très efficace sur des patients souffrant d’immunodéficience.

En pratique cependant, prescrire de l’IL-2 à ces patients génère souvent des graves problèmes cardiaques. Dans le but de trouver une meilleure solution, les chercheurs de l’Université de Stanford ont conçu une variante de l’IL-2 qui peut susciter cette réponse immunitaire sans aucun effet secondaire. Cependant, ils ne pouvaient pas comprendre comment ce mécanisme fonctionnait car deux protéines avaient quasiment des structures identiques !

En utilisant Folding@Home, les chercheurs de l’équipe du docteur Bowman ont démontré que l’IL-2 est une protéine relativement souple alors que celle conçue à Stanford est bloquée dans une structure qui est prête à stimuler une réponse immunitaire.

Source : Blog de Vijay

Conférence 2012 du Consortium Folding@Home

Par , le dans Projet Folding@Home - 3 Commentaires
Le 25 mai 2012 à l’Univeristé de Stanford s’est tenu la première conférence scientifique du Consortium Folding@Home. Le but était de discuter des avancées scientifiques recentes, de partager de nouvelles techniques pour optimiser l’utilisation de FAH ainsi que de planifier les améliorations à l’infrastructure Folding@Home pour l’année à venir.

Une série de news va suivre pour résumer les points principaux qui sont sortis de cette conférence.

Voici une photo de la plupart des participants :


Cliquez sur l'image pour agrandir.


A partir d'en haut à gauche : TJ Lane (Stanford), Dr. Jason Wagoner (Stanford), Prof. Dr. Vincent Voelz (Temple), Dr. Sidney Elmer (Sandia National Lab), Dr. Fancesco Pontaggia (Brandeis), Dr. Lan Hua (UCSF), Bruce Borden (FoldingForum.org), Joseph Coffland (Cauldron Development), Dr. Diwakar Shukla (Stanford), Dr. Lee-Ping Wang (Stanford), Steven Kearnes (Stanford), Kyle Beauchamp (Stanford), Dr. Greg Bowman (UC Berkeley), Dr. Relly Brandman (UCSF), Robert McGibbon (Stanford), Prof. Dr. Yu-Shan Lin (Tuffs), Prof. Dr. Matt Jacobson (UCSF), Prof. Dr. Jesus Izaguirre (Notre Dame), Prof. Dr. Vijay Pande (Stanford), Prof. Dr. Michael Shirts (University of Virginia), Dr. John Chodera (UC Berkeley/QB3), Prof. Dr. Peter Kasson (University of Virginia), Prof. Dr. Xuhu Huang (Hong Kong).
Absent : Prof. Dr. Chris Snow.

Source : Blog de Vijay

Les peptoïdes

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Les peptoïdes
L’un des projets dont le laboratoire du Professeur Vincent Voelz est fier concerne la simulation moléculaire de polymères de synthèse nommés peptoïdes (en anglais). Il s’agit de molécules biomimétiques qui peuvent se replier comme des protéines, mais qui ont des propriétés structurelles différentes. De nombreux peptoïdes capables de se replier en une structure unique en trois dimensions ont été identifiés, mais une meilleure modélisation numérique est nécessaire pour identifier les forces qui pilotent le repliement et pour pouvoir prédire les structures stables des peptoïdes. Si nous arrivons à développer des outils pour y parvenir, les peptoïdes ont le potentiel de devenir une plateforme stupéfiante pour concevoir des nanostructures fonctionalisées qui pourront être utilisées dans tout type d’applications, des médicaments aux nanomatériaux.

Jusqu’ici, les chercheurs ont démontré que les champs de force modernes peuvent replier précisément les péptoïdes (résultats disponibles sur http://dx.doi.org/10.1002/bip.21575) et ils sont en train de travailler avec des collaborateurs expérimentaux sur des prédictions à l’aveugles de structures de peptoïdes (de nouveaux résultats devraient bientôt être publiés). Folding@Home devrait contribuer à simuler à grande échelle le repliement du peptoïde pour de nombreuses séquences, afin de mieux comprendre les mécanismes de repliement des peptoïdes et les principes de conception.


Source: Blog de Vijay

Sortie de Folding@Home 7.3.6 final ! Nouveau site et une vidéo !

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Encore une fois c'est la révolution chez Stanford : après une sortie en grande pompe du client v7 final et la refonte du site, le client 7.3.6 amorce une nouvelle approche, tournée vers la simplification du client, à l'usage des nouveaux plieurs potentiels; mais le tout arrive accompagné d'un nouveau site et d'une petite vidéo de présentation du projet style "animation".

Le client


Les améliorations suivantes sont citées par le développeur Joseph Coffland :

  • Ajout d'une interface de contrôle web
  • Suppression des boutons de contrôle dans le FAHControl.
  • Installation simplifiée

Pour le moment nous n'avons pas testé tout cela, mais on va regarder.

Le site


C'est encore un gros changement, fini les trois cadres qui pourtant simplifiaient déjà le process d'installation, ici on est sur une nouvelle page d’accueil entièrement dédiée à la pédagogie avec un style graphique très orienté animation web.



Le site insiste aussi sur les réseaux sociaux (hé oui, il n'y a pas que nous :hehe )

Le texte insiste sur le principe du pliage de protéine, de la possibilité de participer et une présentation du réseau de machines (nous plieurs ;) ) déjà en place.

La vidéo


Enfin une petite vidéo Youtube sensibilisant les visiteurs à la responsabilité des protéines mal pliées dans un grand nombre de maladies, et de la façon dont ils peuvent participer pour trouver les fameux traitements !



Communiquons !


Stanford nous offre un tremplin pour communiquer plus aisément sur le projet, c'est le moment de recruter massivement. Vos proches, les forums et communautés en ligne que vous fréquentez peuvent être intéressés ! Il serait dommage de ne pas profiter de cette belle dynamique !

Source principale : Le blog officiel de Vijay Pande

Présentation du laboratoire de Vincent Voelz, université de Temple

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Présentation du laboratoire de Vincent Voelz, université de Temple
Le laboratoire du professeur Vincent Voelz a démarré ses activités en Août 2011 à l’université de Temple à Philadelphie. Deux serveurs pour le projets Folding@Home ont été installés là bas et les premières simulations hébergées là bas ont été démarrée cet été. Dans le même temps, l’équipe a eu accès au cluster de calcul haute performance de l’institut des sciences moléculaires informatiques de l’université de Temple pour générer des données de départ pour ces simulations.

L’un des objectifs principaux de ce laboratoire est d’utiliser les simulations moléculaires pour réaliser de la conception mathématique de repliements et des propriétés de liaison. La conception requiert de tester le repliement de nombreuses séquences protéiniques possibles, qui est une tâche classique pour une plateforme de calcul distribué comme Folding@Home. L’ équipe travaille à renforcer les modèles d’états de Markov de la dynamique conformationnelle pour réaliser des estimations des effets des perturbations des séquences. Un bon point de départ pour tester cette idée est de commencer à étudier des protéines pour lesquelles de nombreuses séquences ont été caractérisées pour voir s’il est possible de prédire des changements dépendants d’une séquence. Beaucoup de ces mutations de séquences sont importantes dans des maladies humaines, le professeur Voelz espère donc obtenir des résultats intéressants sur ce point.


Le cluster de calcul haute performances de l'Université de Temple.



Source : Blog de Vijay

Compréhension du repliement du peptide hIAPP, lié aux diabètes de type 2

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Compréhension du repliement du peptide hIAPP, lié aux diabètes de type 2
Voici un compte rendu en provenance du laboratoire du professeur Xuhui Huang à l’université des sciences et technologies de Hong Kong, un autre laboratoire collaborant au sein du consortium Folding@Home.

En plus de l’étude des processus de reconnaissance moléculaire, un autre projet de ce laboratoire est de travailler sur la plateforme Folding@Home pour explorer le repliement du paysage d’énergie libre du polypeptide des îlots d’amyloïdes humain (hIAPP). Le hIAPP (aussi appelé amyline) est un peptide de 37 acides aminés et son agrégation diminue le fonctionnement des cellules bêta chez les patients atteins d’un diabète de type 2. En tant que protéine intrinsèquement désordonnée, le monomère hIAPP n’a pas de minimum global dans son paysage d’énergie libre, mais il dispose de nombreux minimums locaux stables. Par conséquent, la compréhension des ces états stables locaux peut nous aider à comprendre les mécanismes de l’accumulation de l’amyline, et ainsi concevoir des petites molécules pour inhiber la formation des îlots d’amyloïde.

Comme nous avons pu le voir dans les simulations du laboratoire de Vijay Pande concernant le peptide alpha bêta sur l’étude sur l’Alzheimer, cette étude peut elle aussi aboutir à des agents thérapeutiques potentiels pour le traitement du diabète de type 2. Sur la plateforme Folding@Home, les équipes du professeur Huang réalise des simulations poussées de dynamique moléculaire et construisent des modèles d’états de Markov pour résoudre le paysage d’énergie libre du monomère hIAPP. Les projets 2974 et 2975 sont liés à cette étude. L’équipe du laboratoire tient à remercier les participant au projet Folding@Home qui rendent ces recherches possibles.

Source : Blog de Vijay