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FAH-Addict c'est aussi les réseaux sociaux !

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FAH-Addict c'est aussi les réseaux sociaux !
Une petite news pour vous présenter (ou représenter pour certains) nos pieds à terre sur les principaux réseaux sociaux. Pourquoi ce petit rappel ? Car FAH-Addict c'est aussi une façon comme une autre de faire venir des gens vers le projet, car il n'est pas assez médiatisé auprès du grand public. Votre aide pourrait être précieuse de différentes façons :

Sur Facebook évidement nous avons la plus vaste communauté réunie. Vous retrouverez pas mal de gens qui fréquentent le forum ainsi que pas mal de gens de l'Alliance Francophone. C'est un bon moyen de convertir vos proches aussi, en partageant nos news lorsque vous pensez qu'elles pourraient les sensibiliser.

Sur Twitter c'est la plus ancienne communauté, vous retrouverez aussi d'autres comptes utiles à suivre si vous cherchez des gens bien à suivre ! Nous saluons d’ailleurs les participants à d’autres projets de calcul distribué qui nous suivent sur Twitter ;)

Sur Google+ la petite dernière, et qui monte très vite ! Ici en partageant et en ajoutant des +1 vous nous aidez à nous diriger vers les posts "mis en avant" par rapport aux goûts des autres utilisateurs. Ca pourrait être un moyen de se faire connaître de façon ciblée.

En tout cas, que vous soyez ou pas un fondu de réseaux sociaux, merci pour votre fidélité, même lorsqu'on n'est pas très actifs on vous voit passer régulièrement et poster sur le forum et ça fait bien plaisir !

GeForce GTX Titan - La carte grand public la plus puissante en mono GPU du moment

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GeForce GTX Titan - La carte grand public la plus puissante en  mono GPU du moment
Si dépenser presque un mois de SMIC dans un composant de votre PC ne vous choque pas, sachez que nVidia a dans ses cartons un gros monstre mythologique !
La GeForce GTX Titan serait basée sur la puce GK110 de la famille Kepler, première carte grand public à bénéficier de ce composant. La puce serait équivalente à 85% de la puissance d'un GTX 690 qui elle dispose pourtant de deux puces Kepler haut de gamme !

La puce est un GK110, identique à celui embarqué sur les cartes spécialisées en GPGPU, les Tesla K20X. Pour rappel, la puce GK110 dispose de 15 SMX (2880 SP) dont 14 sont activés (pour 2688 SP). Cette puce dispose d’une puissance de calcul de 3.95 GFLOPs en simple précision et de 1.31 GFLOPs en double précision.

Quelques chiffres, toujours à l'état de rumeur, pour le GK110 de la GeForce Titan :

  • Date de sortie 18 février
  • 2880 SP (15 SMX) dont 2688 activés (14 SMX)
  • 7.1 milliard de transistors
  • Die de 502 mm²
  • Fréquence GPU 732 MHz
  • VRAM 6 Go de GDDR5 sur bus 384 bits à 1300 MHz
  • TDP de 235W
  • Tarif entre 850 et 1000€

Autant dire une dévoreuse de WU ! Même si ce genre de puce très haut de gamme est risqué pour sa résistance au long terme. nVidia va d’ailleurs imposer des règles de design très strictes à ses partenaires pour cette carte.

Les rumeurs quant à la date de disponibilité varient légèrement. Si la plus grande majorité des sources indiquent le 18 février, quelques exceptions parlent également du 25 …

Source : PC World

Erreurs de calcul et température GPU : Des chiffres

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On le savait sans pouvoir y plaquer de chiffres fiables. Les GPUs de nos cartes graphiques sont beaucoup plus prompt à l’erreur que nos cher CPU. Toutefois la température semble être une variable décisive dans la multiplication de ces erreurs. Cette news expose un petit panel représentatif de cartes nVidia et les conditions du test.
Si bien sûr les cartes sur fixes sont à risque, les laptops et racks de calcul haute performances sont encore plus victimes de ce phénomène.

Pour nous c'est un rappel qu'il faut vraiment éviter le pliage sur GPU de laptop, et qu'il faut veiller à ce que nos GPU soient très bien ventilés ! Bonne lecture !

Source : Tom's Hardware France

Présentation du laboratoire de Vincent Voelz, université de Temple

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Présentation du laboratoire de Vincent Voelz, université de Temple
Le laboratoire du professeur Vincent Voelz a démarré ses activités en Août 2011 à l’université de Temple à Philadelphie. Deux serveurs pour le projets Folding@Home ont été installés là bas et les premières simulations hébergées là bas ont été démarrée cet été. Dans le même temps, l’équipe a eu accès au cluster de calcul haute performance de l’institut des sciences moléculaires informatiques de l’université de Temple pour générer des données de départ pour ces simulations.

L’un des objectifs principaux de ce laboratoire est d’utiliser les simulations moléculaires pour réaliser de la conception mathématique de repliements et des propriétés de liaison. La conception requiert de tester le repliement de nombreuses séquences protéiniques possibles, qui est une tâche classique pour une plateforme de calcul distribué comme Folding@Home. L’ équipe travaille à renforcer les modèles d’états de Markov de la dynamique conformationnelle pour réaliser des estimations des effets des perturbations des séquences. Un bon point de départ pour tester cette idée est de commencer à étudier des protéines pour lesquelles de nombreuses séquences ont été caractérisées pour voir s’il est possible de prédire des changements dépendants d’une séquence. Beaucoup de ces mutations de séquences sont importantes dans des maladies humaines, le professeur Voelz espère donc obtenir des résultats intéressants sur ce point.


Le cluster de calcul haute performances de l'Université de Temple.



Source : Blog de Vijay

Compréhension du repliement du peptide hIAPP, lié aux diabètes de type 2

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Compréhension du repliement du peptide hIAPP, lié aux diabètes de type 2
Voici un compte rendu en provenance du laboratoire du professeur Xuhui Huang à l’université des sciences et technologies de Hong Kong, un autre laboratoire collaborant au sein du consortium Folding@Home.

En plus de l’étude des processus de reconnaissance moléculaire, un autre projet de ce laboratoire est de travailler sur la plateforme Folding@Home pour explorer le repliement du paysage d’énergie libre du polypeptide des îlots d’amyloïdes humain (hIAPP). Le hIAPP (aussi appelé amyline) est un peptide de 37 acides aminés et son agrégation diminue le fonctionnement des cellules bêta chez les patients atteins d’un diabète de type 2. En tant que protéine intrinsèquement désordonnée, le monomère hIAPP n’a pas de minimum global dans son paysage d’énergie libre, mais il dispose de nombreux minimums locaux stables. Par conséquent, la compréhension des ces états stables locaux peut nous aider à comprendre les mécanismes de l’accumulation de l’amyline, et ainsi concevoir des petites molécules pour inhiber la formation des îlots d’amyloïde.

Comme nous avons pu le voir dans les simulations du laboratoire de Vijay Pande concernant le peptide alpha bêta sur l’étude sur l’Alzheimer, cette étude peut elle aussi aboutir à des agents thérapeutiques potentiels pour le traitement du diabète de type 2. Sur la plateforme Folding@Home, les équipes du professeur Huang réalise des simulations poussées de dynamique moléculaire et construisent des modèles d’états de Markov pour résoudre le paysage d’énergie libre du monomère hIAPP. Les projets 2974 et 2975 sont liés à cette étude. L’équipe du laboratoire tient à remercier les participant au projet Folding@Home qui rendent ces recherches possibles.

Source : Blog de Vijay

Liaisons du virus de la grippe aux récepteurs de surface des cellules

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L’équipe du Professeur Kasson a publié récemment un article dans le journal Biochemistry qui détaille comment le virus de la grippe se lie aux récepteurs de surface des cellules. Dans cet article, les chercheurs détaillent comment les techniques de simulation peuvent être utilisée pour analyser plus précisément les données biochimiques et structurelles de la liaison au glucose du virus de la grippe. Ils passent également en revue le travail effectué en collaboration avec l’équipe du Professeur Pande, y compris les recherches utilisant Folding@Home. Les articles précédents sur le même sujet peuvent être consultés ici et .


20 structures de molécules de glucose (sucre) sont superposées sur la poche réceptrice de liaison de l’hemagglutinine.



Source : Blog de Vijay

Les simulations de FAH conduisent à une nouvelle stratégie de traitement de la maladie d’Alzheimer

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Nous sommes très heureux de parler enfin de résultats importants en provenance du projet. Ces résultats ont mis un long moment avant d’arriver et ils représentent de grandes réussites pour Folding@Home en général, démontrant que l’approche démarre il y a 10 ans peut faire avancer significativement les objectifs à long terme du projet.

Ces objectifs à long terme sont les suivants :

  1. développer de nouvelles méthodes pour surmonter les défis informatiques de la simulation du repliement des protéines
  2. appliquer ces nouvelles méthodes pour obtenir une meilleure compréhension du repliement des protéines
  3. utiliser ces nouveaux éléments pour simuler le mauvais repliement des la protéine Bêta Amyloïde, un élément majeur de toxicité impliqué dans la maladie d’Alzheimer
  4. utiliser ces simulations pour développer de petites molécules candidates pour un médicament traitant la maladie d’Alzheimer.

Dans les premières années du projet, nous nous sommes concentrés sur les deux premiers objectifs ci-dessus. Au cours des 5-7 dernières années, nous avons travaillé à accomplir le troisième objectif. Nous sommes maintenant heureux de pouvoir faire un compte rendu de l’avancée des recherches pour répondre au dernier point.

Dans cet article publié dans le Journal of Medicinal Chemistry, les chercheurs décrivent les tests des prédictions obtenues de simulations plus anciennes, et comment ces prédiction ont conduit à une nouvelle stratégie pour combattre la maladie d’Alzheimer. Bien que ce ne soit pas encore un traitement, c’est une avancée majeure dans ce sens, une sorte de lueur au bout du tunnel.

Les prochaines étapes, actuellement en cours au laboratoire, sont de prendre ce composé prometteur et de l’amener à devenir un médicament viable. Il est trop tôt pour parler des résultats préliminaires (Vijay Pande préférant ne faire d’annonce que lorsque les revues de pairs ont été réalisées), mais Vijay est très heureux que les directives énoncées dans cet article semblent porter leurs fruits en termes d’un médicament viable (et pas seulement un candidat). Nous espérons avoir plus à dire dans les prochains mois !

Article : Conception d’inhibiteurs d’agrégation de la bêta amyloïde à partir d’un motif structurel prédit. (en anglais)



Source : Blog de Vijay

Passez en core A4, mangez des carottes !

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Stanford voudrait nous faire passer définitivement au core A4, et ils savent comment nous motiver à le faire.

Le core A4, successeur en droite ligne des cores A2 et A3 est le premier core à savoir travailler indifféremment en monocore et SMP. Toutefois, cette fonctionnalité ne fonctionne correctement que pour les clients v6 version 6.34+ et v7 toutes version. Actuellement, le core A4 traite les unités les plus modernes et urgentes, le core A3 étant conservé pour améliorer la connaissance sur d'anciens projet. (Comme au temps du core A1 lors du passage à A2)
Afin de nous aider à abandonner le core A3, Stanford sortira à partir de lundi la carotte ultime : 10% de bonus supplémentaire pour les propriétaires d'un client 6.34+ ou v7 traitant une unité A4. Ce bonus n'apparaîtra pas dans les monitoring du client v7 ou des logiciels tiers, mais uniquement dans les statistiques finales.

Alors n'hésitez pas à vérifier vos versions ou à migrer en v7, c'est bon pour le projet donc c'est bon pour vos points !

Source : Le blog de Vijay

Xeon Phi : Un coprocesseur x86 mais quid d'OpenCL ?

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Il y a quelques semaines, Intel relançait l'engouement autour de ses travaux sur l'architecture défunte "Larrabee". Cette fois ci, le projet s'avance tout droit vers la commercialisation, ceci étant prouvé par l'attribution d'un nom commercial à la carte, et ce sera donc "Xeon Phi".

Si vous avez suivi cette annonce, vous savez déjà qu'il y a "plus de 50 cores" capables d’exécuter du code x86 et jusqu'à 8 Go de mémoire embarquée. Le tout monté sur une carte PCI-Express au format assez classique.
Clairement, le produit n'est plus aligné au coté de la concurrence des GPU capable de GPGPU, mais plutôt présenté comme un "coprocesseur"...

La carte est présentée comme capable de travailler seule, ou montée dans un cluster pour constituer un super-calculateur.

D'un point de vue capacité logiciel, c'est pour le moment assez flou. La carte disposerait de son propre OS Linux pour s'isoler du reste du système, et surtout la documentation commerciale ne mentionne pas OpenCL. Intel aurait décidé d'ignorer ce standard en devenir ?

Il y a quelques jours, le site Parallelis a décortiqué la documentation et a levé quelques doutes sur l'efficacité de la carte, surtout en mode x86, et les limitations que pourraient imposer le bus PCI-Express...
Bref, pour le moment le sujet passionne, mais il est difficile de pouvoir confirmer les conjectures. M. Intel, éclaire nous !

Sources : PCInpact
Parallelis

Réduction des effets secondaires de la protéine IL-2 lors des traitements des cancers

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Aujourd'hui nous allons mettre en avant le travail du laboratoire de Chris Garcia de l'école de médecine de Stanford. L'équipe du laboratoire a eu une très bonne idée pour repenser une protéine très importante dans le traitement des cancers et le laboratoire de Vijay Pande a rejoué un rôle dans les recherches en fournissant des simulations informatiques qui aident à comprendre le mécanisme d'action de cette nouvelle protéine. Les résultats sont prometteurs. Vous pouvez accéder à la publication complète à l'adresse suivante (en anglais) :

http://medicalxpress.com/news/2012-03-scientists-boost-potency-side-effects.html

Résumé
Une protéine naturellement présente dans le corps a parfois des effets significatifs en tant que médicament pour traiter les cancers avancés qui sont limités par les effets secondaires grave qu'elle provoque parfois. Un scientifique de l'école de médecine de l'université de Stanford a généré une version mutante dont la forme modifiée la rend sensiblement plus puissante que la protéine naturelle tout en réduisant sa toxicité.

Source : Blog de Vijay