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Au secours, mon slot CPU ne plie plus !

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Au secours, mon slot CPU ne plie plus !
Depuis quelques jours votre slot CPU a peut être cessé de plier avec les messages suivants dans le log :

Citation:
Connecting to 171.67.108.45:8080
Failed to get assignment from '171.67.108.45:8080': Empty work server assignment
Connecting to 171.64.65.35:80
Failed to get assignment from '171.64.65.35:80': Empty work server assignment
Exception: Could not get an assignment

Depuis toujours, dans son fonctionnement par défaut, le client configure automatiquement le slot CPU pour utiliser moins de threads de votre CPU que le total disponible :

  • si vous avez un slot GPU, le client réserve 1 thread pour l'alimenter
  • si vous utilisez des réglages peu agressifs (Folding Power réglé sur Light ou Medium), le client n'utilisera pas tous les threads

Ce comportement provoque généralement l'utilisation d'un nombre impair de threads (si vous avez un CPU avec 8 threads, le client tentera d'en utiliser que 7 au maximum) ce qui provoque des problèmes de compatibilité avec de nombreux systèmes simulés lorsque ce nombre impair est un nombre premier. Cette limitation provient des algorithmes utilisé par Gromacs (le code de calcul scientifique) pour décomposer le système en morceaux exécutées par chacun des threads. Pour déterminer les combinaisons supportées, les chercheurs se basaient sur le retour des testeurs pour chacun des projets et réglaient les serveurs d'assignation en fonction des résultats. Généralement, Gromacs fonctionnait bien de 1 à 8 threads, puis pour toute combinaison n'ayant pas un nombre premier supérieur à 7 dans la décomposition (c'est à dire que les nombres premiers exclus commençaient à partir de 11).

Dernièrement, le projet Folding@Home suit les recommandations officielles de Gromacs, qui excluent les nombres premiers supérieur ou égaux à 7 des décompositions.

Si vous vous trouvez dans cette situation, la solution est simple. Il suffit de changer le comportement automatique du client (réglage -1) par un réglage forcé (6 threads au lieu de 7 si vous disposez d'un CPU 8 threads par exemple) avec la méthode suivante :
Sous FAHControl, cliquez sur Configure.
Dans l'onglet Slots, sélectionnez le slot CPU et cliquez sur Edit.
Près du haut de la fenêtre, changez le nombre de CPUs.
Cliquez sur OK puis sur Save.

Si vous avez besoin de conseils pour configurer votre client, n'hésitez pas à passer sur notre forum.

FAH-Addict : le retour !

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FAH-Addict : le retour !
Après plus de deux ans hors ligne, FAH-Addict.net marque enfin son grand retour !

Depuis deux ans, de nombreuses choses ont évolué sur le projet Folding@Home ainsi que dans le monde du Hardware, nous espérons donc un retour rapide de ce qui a été l'ADN du site :
  • les news du projet
  • les news Hardware
  • les tests de matériel
  • les tutoriels

Nous en avons profité pour moderniser le CMS et son interface, il peut donc y avoir encore quelques petits problèmes avec le contenu un peu ancien. N'hésitez pas à nous signaler les petits bugs, si vous en rencontrez.

Rappel à propos des cores vieillissants (Core 11, Core 78)

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Un aspect dominant dans le projet Folding@Home est la course continue aux nouvelles approches scientifiques. Ceci se manifeste avec l’apparition de nouveaux cores de calcul. Par exemple, le nouveau core GPU (Core 17 dont nous vous reparlerons prochainement dans une news) a apporté des améliorations énormes en terme de performances (surtout sur GPU AMD) et a nécessité une réécriture complète du code.

Une conséquence négative de cette fuite en avant des améliorations et des progrès scientifiques est que ces cores sont souvent limités aux matériels les plus évolués et récents. Cependant, afin d’utiliser le maximum de puissance que possible dans ce qui est disponible pour le projet, les scientifiques ont tendance à poursuivre les projets avec d’anciens cores, mais parfois, les calculs scientifiques qu’ils peuvent effectuer deviennent limitant et ils doivent être mis à la retraite.

C’est le destin potentiel de tous les cores, mais c’est une fin certainement proche pour les vieillissants core 11 (GPU nVidia pre-Fermi) et core 78 (Gromacs monocore de première génération). Bien que nous n’avons pas de dates de fin spécifiques pour ces deux cores, il est de notre devoir de rappeler aux plieurs qu’ils atteignent leur fin de vie et que lorsqu’ils seront retirés, certains anciens matériels ne seront plus supportés par FAH (dans ce cas, les CPUs qui ne supportent pas le SSE2 et les GPUs nVidia pre-Fermi).

Le point à retenir est que les chercheurs font leur possible pour retarder ces retraits le plus possible, mais ce message est là pour prévenir les plieurs afin qu’ils puissent se préparer à la suite des évènements. Vijay Pande donne une estimation à prendre avec des pincettes : probablement d’ici un an, peut être deux si les projets actuels on besoin de données complémentaires.

Comme toujours, nous préviendrons les plieurs dès que nous aurons plus d’informations et que nous pourront donner des dates plus précises.

Source : Le Blog de Vijay

Maintenance en cours sur les serveurs Folding@Home !

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Comme indiqué sur son compte twitter :

Un certain nombre de serveurs clefs (les AS) sont en maintenance pour quelques heures. Pas de panique, ça va revenir très vite !

Source : Le Blog Officiel !

EDIT : 27/08/2013 13h

La maintenance a été plus longue que prévue, après avoir relancé les serveurs c'est le réseau qui semble avoir rencontré des soucis. Vers 4h du matin tout a été réactivé ou presque, et progressivement tout rentre dans l'ordre. Vijay Pande l'a d'ailleurs officiellement annoncé sur son compte twitter après 2 autres messages intermédiaires:


A noter que certains types de WU sont encore indisponible à l'heure de la rédaction de cette mise à jour, toTOW a remonté des difficultés pour avoir des WUs d'anciens GPU nVidia (archi pré-fermi).

Source : Le Blog Officiel !

EDIT : 27/08/2013 22h

Comme nous l'avions remarqué, le serveur VSP07, responsable des WUs pour le core 11, est toujours en panne. Les administrateurs système de l'université sont actuellement à la tache pour le remettre en état de marche.


Source : Le Blog Officiel !

FAHcon 2012 : Professeur Peter Kasson

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Au cours de la Conférence Folding@Home 2012, le Professeur Peter Kasson de l’Université de Virginie a présenté son travail sur le virus de la grippe et a expliqué pourquoi ce virus attirait autant l’attention.

Premièrement, le virus de la grippe tue environ 40 000 personnes aux USA chaque année, et bien plus dans le monde (environ 1 000 en France). Ces victimes sont souvent des enfants de moins de deux ans ou des adultes de plus de 60 ans. C’est forcément un sujet qui nous touche tous, car nous espérons tous avoir des enfants en bonne santé, et vivre au-delà de 60 ans … Deuxièmement, la grippe s’est déjà révélée capable de provoquer de graves épidémies, comme en 1918. Un virus similaire pourrait aujourd’hui tuer plus de 60 millions de personnes et nous aimerions donc être préparés à une telle éventualité. Enfin, le virus de la grippe est un modèle intéressant pour la compréhension des autres virus comme celui du VIH ou ceux provoquant des cancers comme le HPV (papillomavirus humain), le virus de l’hépatite C ou encore celui d’Epstein-Barr. Cela peut vous surprendre, mais beaucoup de cancers sont associés à un virus et ceci a donc une grande importance pour la prévention.

Nous avons beaucoup travaillé sur la façon dont le virus de la grippe entre dans les cellules pour pouvoir se répliquer. C’est une cible thérapeutique importante et il est donc critique de comprendre pourquoi des virus tels que le H5N1 (« grippe aviaire ») n’ont pas été capable de se transmettre efficacement entre humains. Une partie du travail récent sur le sujet s’intéresse au repliement d’une protéine dans la membrane qui est nécessaire à l’entrée du virus. L’équipe du Professeur Kasson a obtenu des résultats intéressant, et nous publierons une news lorsque ceux ci seront publiés.

Le chercheur a également présenté un nouvel ensemble logiciel qui semble prometteur : Copernicus. Les groupes des Professeurs Peter Kasson, Eric Lindhal et Vijay Pande avaient publié un premier article en 2011 sur le sujet et ont poursuivi le développement. Copernicus permet de rendre le contrôle du back-end des simulations à grande échelle plus transparent, de façon à ce que les chercheurs de Folding@Home puissent facilement intégrer de nouvelles méthodes de simulation. Ce logiciel fonctionne également sur les superordinateurs et sur les plateformes de cloud computing afin de compléter si nécessaire les simulations réalisées sur la plateforme Folding@Home. Ceci permet également aux autres chercheurs ne participant pas au projet d’avoir accès au type de simulations que nous réalisons sur FAH. Tous ces changements sont situés coté serveurs, les plieurs que nous sommes ne devraient donc pas voir de différence dans le comportement du client. Grâce à Copernicus, nous verrons par contre apparaître de nouveaux domaines de recherche.

Source : Blog de Vijay

FAHcon 2012 : Dr Greg Bowman

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Le Docteur Greg Bowman de l’Université de Berkeley a présenté un projet à la conférence Folding@Home (FAHcon) qui a mis l’accent sur de nouvelles applications thérapeutiques des protéines. Il est connu que la protéine d’interleukine 2 (IL-2) peut aider à stimuler une réponse immunitaire, donc en théorie, cette protéine pourrait s’avérer très efficace sur des patients souffrant d’immunodéficience.

En pratique cependant, prescrire de l’IL-2 à ces patients génère souvent des graves problèmes cardiaques. Dans le but de trouver une meilleure solution, les chercheurs de l’Université de Stanford ont conçu une variante de l’IL-2 qui peut susciter cette réponse immunitaire sans aucun effet secondaire. Cependant, ils ne pouvaient pas comprendre comment ce mécanisme fonctionnait car deux protéines avaient quasiment des structures identiques !

En utilisant Folding@Home, les chercheurs de l’équipe du docteur Bowman ont démontré que l’IL-2 est une protéine relativement souple alors que celle conçue à Stanford est bloquée dans une structure qui est prête à stimuler une réponse immunitaire.

Source : Blog de Vijay

Conférence 2012 du Consortium Folding@Home

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Le 25 mai 2012 à l’Univeristé de Stanford s’est tenu la première conférence scientifique du Consortium Folding@Home. Le but était de discuter des avancées scientifiques recentes, de partager de nouvelles techniques pour optimiser l’utilisation de FAH ainsi que de planifier les améliorations à l’infrastructure Folding@Home pour l’année à venir.

Une série de news va suivre pour résumer les points principaux qui sont sortis de cette conférence.

Voici une photo de la plupart des participants :


Cliquez sur l'image pour agrandir.


A partir d'en haut à gauche : TJ Lane (Stanford), Dr. Jason Wagoner (Stanford), Prof. Dr. Vincent Voelz (Temple), Dr. Sidney Elmer (Sandia National Lab), Dr. Fancesco Pontaggia (Brandeis), Dr. Lan Hua (UCSF), Bruce Borden (FoldingForum.org), Joseph Coffland (Cauldron Development), Dr. Diwakar Shukla (Stanford), Dr. Lee-Ping Wang (Stanford), Steven Kearnes (Stanford), Kyle Beauchamp (Stanford), Dr. Greg Bowman (UC Berkeley), Dr. Relly Brandman (UCSF), Robert McGibbon (Stanford), Prof. Dr. Yu-Shan Lin (Tuffs), Prof. Dr. Matt Jacobson (UCSF), Prof. Dr. Jesus Izaguirre (Notre Dame), Prof. Dr. Vijay Pande (Stanford), Prof. Dr. Michael Shirts (University of Virginia), Dr. John Chodera (UC Berkeley/QB3), Prof. Dr. Peter Kasson (University of Virginia), Prof. Dr. Xuhu Huang (Hong Kong).
Absent : Prof. Dr. Chris Snow.

Source : Blog de Vijay

Les peptoïdes

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Les peptoïdes
L’un des projets dont le laboratoire du Professeur Vincent Voelz est fier concerne la simulation moléculaire de polymères de synthèse nommés peptoïdes (en anglais). Il s’agit de molécules biomimétiques qui peuvent se replier comme des protéines, mais qui ont des propriétés structurelles différentes. De nombreux peptoïdes capables de se replier en une structure unique en trois dimensions ont été identifiés, mais une meilleure modélisation numérique est nécessaire pour identifier les forces qui pilotent le repliement et pour pouvoir prédire les structures stables des peptoïdes. Si nous arrivons à développer des outils pour y parvenir, les peptoïdes ont le potentiel de devenir une plateforme stupéfiante pour concevoir des nanostructures fonctionalisées qui pourront être utilisées dans tout type d’applications, des médicaments aux nanomatériaux.

Jusqu’ici, les chercheurs ont démontré que les champs de force modernes peuvent replier précisément les péptoïdes (résultats disponibles sur http://dx.doi.org/10.1002/bip.21575) et ils sont en train de travailler avec des collaborateurs expérimentaux sur des prédictions à l’aveugles de structures de peptoïdes (de nouveaux résultats devraient bientôt être publiés). Folding@Home devrait contribuer à simuler à grande échelle le repliement du peptoïde pour de nombreuses séquences, afin de mieux comprendre les mécanismes de repliement des peptoïdes et les principes de conception.


Source: Blog de Vijay

Sortie de Folding@Home 7.3.6 final ! Nouveau site et une vidéo !

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Encore une fois c'est la révolution chez Stanford : après une sortie en grande pompe du client v7 final et la refonte du site, le client 7.3.6 amorce une nouvelle approche, tournée vers la simplification du client, à l'usage des nouveaux plieurs potentiels; mais le tout arrive accompagné d'un nouveau site et d'une petite vidéo de présentation du projet style "animation".

Le client


Les améliorations suivantes sont citées par le développeur Joseph Coffland :

  • Ajout d'une interface de contrôle web
  • Suppression des boutons de contrôle dans le FAHControl.
  • Installation simplifiée

Pour le moment nous n'avons pas testé tout cela, mais on va regarder.

Le site


C'est encore un gros changement, fini les trois cadres qui pourtant simplifiaient déjà le process d'installation, ici on est sur une nouvelle page d’accueil entièrement dédiée à la pédagogie avec un style graphique très orienté animation web.



Le site insiste aussi sur les réseaux sociaux (hé oui, il n'y a pas que nous :hehe )

Le texte insiste sur le principe du pliage de protéine, de la possibilité de participer et une présentation du réseau de machines (nous plieurs ;) ) déjà en place.

La vidéo


Enfin une petite vidéo Youtube sensibilisant les visiteurs à la responsabilité des protéines mal pliées dans un grand nombre de maladies, et de la façon dont ils peuvent participer pour trouver les fameux traitements !



Communiquons !


Stanford nous offre un tremplin pour communiquer plus aisément sur le projet, c'est le moment de recruter massivement. Vos proches, les forums et communautés en ligne que vous fréquentez peuvent être intéressés ! Il serait dommage de ne pas profiter de cette belle dynamique !

Source principale : Le blog officiel de Vijay Pande

FAH-Addict c'est aussi les réseaux sociaux !

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FAH-Addict c'est aussi les réseaux sociaux !
Une petite news pour vous présenter (ou représenter pour certains) nos pieds à terre sur les principaux réseaux sociaux. Pourquoi ce petit rappel ? Car FAH-Addict c'est aussi une façon comme une autre de faire venir des gens vers le projet, car il n'est pas assez médiatisé auprès du grand public. Votre aide pourrait être précieuse de différentes façons :

Sur Facebook évidement nous avons la plus vaste communauté réunie. Vous retrouverez pas mal de gens qui fréquentent le forum ainsi que pas mal de gens de l'Alliance Francophone. C'est un bon moyen de convertir vos proches aussi, en partageant nos news lorsque vous pensez qu'elles pourraient les sensibiliser.

Sur Twitter c'est la plus ancienne communauté, vous retrouverez aussi d'autres comptes utiles à suivre si vous cherchez des gens bien à suivre ! Nous saluons d’ailleurs les participants à d’autres projets de calcul distribué qui nous suivent sur Twitter ;)

Sur Google+ la petite dernière, et qui monte très vite ! Ici en partageant et en ajoutant des +1 vous nous aidez à nous diriger vers les posts "mis en avant" par rapport aux goûts des autres utilisateurs. Ca pourrait être un moyen de se faire connaître de façon ciblée.

En tout cas, que vous soyez ou pas un fondu de réseaux sociaux, merci pour votre fidélité, même lorsqu'on n'est pas très actifs on vous voit passer régulièrement et poster sur le forum et ça fait bien plaisir !