Guha Jayachandran
Aujourd'hui, je vais vous présenter le travail du Dr Guha Jaychandran. Guha est membre de l'équipe depuis plusieurs années. Il a une licence, un master et un doctorat en informatique, acquis à l'université de Stanford. Il a rejoint l'équipe de FAH lorsqu'il préparait son master et il a à ce moment été très impliqué dans l'amélioration de l'infrastructure du projet. C'est aussi celui qui s'occupe de l'évolution des logiciels serveurs et des clients.
Pour son doctorat, ses recherches ont occupé deux places clés dans l'équipe : l'étude du repliement des protéines et le développement de nouvelles méthodes pour la conception de médicaments. Vous pouvez retrouver ses publications sur le site officiel du projet. Il y en a tellement que je ne pourrai pas les décrire toutes ici, alors je vais en choisir une.
Je veux vous parler plus en détail de cet article : "Parallelized Over Parts Computation of Absolute Binding Free energy" (Calcul parallélisé de l'énergie libre de liaison). Les énergies libres nous apprennent quelle sera la force de la liaison entre la molécule du médicament et de sa cible. Nous voulons obtenir des liaisons fortes pour minimiser le dosage prescrit aux patients et améliorer la spécificité (si la molécule se lie fortement à sa cible, on peut diminuer les doses et nous nous aurons moins d'interactions avec des protéines qui ne sont pas la cible de la molécule, ce qui diminue les effets secondaires du médicament). La nouvelle méthode développée par Guha permet d'améliorer la vitesse de calcul des énergies libres, ce qui nous permet d'exécuter nos simulations sous FAH en quelques jours qui nous auraient pris des mois sans cette méthode (ou même des décennies sur des machines standards). Ces méthodes de conception des médicaments sont également utilisées dans une multitude d'applications dans le projet FAH.
Traduit à partir de : Meet FAH team member Guha Jayachandran
Guha Jayachandran
Pour son doctorat, ses recherches ont occupé deux places clés dans l'équipe : l'étude du repliement des protéines et le développement de nouvelles méthodes pour la conception de médicaments. Vous pouvez retrouver ses publications sur le site officiel du projet. Il y en a tellement que je ne pourrai pas les décrire toutes ici, alors je vais en choisir une.
Je veux vous parler plus en détail de cet article : "Parallelized Over Parts Computation of Absolute Binding Free energy" (Calcul parallélisé de l'énergie libre de liaison). Les énergies libres nous apprennent quelle sera la force de la liaison entre la molécule du médicament et de sa cible. Nous voulons obtenir des liaisons fortes pour minimiser le dosage prescrit aux patients et améliorer la spécificité (si la molécule se lie fortement à sa cible, on peut diminuer les doses et nous nous aurons moins d'interactions avec des protéines qui ne sont pas la cible de la molécule, ce qui diminue les effets secondaires du médicament). La nouvelle méthode développée par Guha permet d'améliorer la vitesse de calcul des énergies libres, ce qui nous permet d'exécuter nos simulations sous FAH en quelques jours qui nous auraient pris des mois sans cette méthode (ou même des décennies sur des machines standards). Ces méthodes de conception des médicaments sont également utilisées dans une multitude d'applications dans le projet FAH.
Traduit à partir de : Meet FAH team member Guha Jayachandran
Ecrit par: toTOW, Le: 08/09/09