John Chodera

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Le Docteur Chodera a rejoint le laboratoire en 2006 après avoir obtenu son doctorat en sciences à l’UCSF (Université de Californie, San Francisco) dans le laboratoire de Ken Dill.


John Chodera


Tout d’abord, avec Nina Singhal, ancienne membre de l’équipe FAH et maintenant professeur à l’Université de Chicago, John a développé un nouveau moyen d’utiliser le calcul distribué pour simuler des dynamiques sur un intervalle de temps long. C’est en plein cœur de la façon dont FAH fonctionne et c’est donc une avancée importante pour le projet. L’idée est de construire un modèle cinétique du processus étendu dans le temps en divisant le système en une série d’états et en calculant la probabilité de transition entre ces états en utilisant la dynamique moléculaire. Rendre ceci possible nécessite des notions poussées de statistique (plus particulièrement le théorème de Bayes qui devient de plus en plus important dans la façon dont l’équipe travaille). La conséquence de cela est que Folding@Home devrait être capable d’accueillir des simulations qui ne pouvaient pas être traitées auparavant. Ceci devrait également avoir un impact sur l’ensemble de la communauté scientifique.

Enfin, John a travaillé au développement de méthodes de calcul de l’énergie libre, principalement en rapport avec les molécules biologiques comme l’énergie libre de liaison protéine-ligand. Ces méthodes de calcul sont particulièrement appropriées dans les dernières étapes de conception des médicaments mais elles représentent aussi une grande avancée pour l’ensemble de la méthodologie de calcul.

Traduit à partir de : Meet FAH team member Dr. John Chodera